Uma maneira é ordenar reversamente os dados e usá duplicated-los para eliminar todas as duplicatas. Para mim, esse método é conceitualmente mais simples do que aqueles que se aplicam. Eu acho que deveria ser muito rápido também.
# Some data to start with:
z <- data.frame(id=c(1,1,2,2,3,4),var=c(2,4,1,3,5,2))
# id var
# 1 2
# 1 4
# 2 1
# 2 3
# 3 5
# 4 2
# Reverse sort
z <- z[order(z$id, z$var, decreasing=TRUE),]
# id var
# 4 2
# 3 5
# 2 3
# 2 1
# 1 4
# 1 2
# Keep only the first row for each duplicate of z$id; this row will have the
# largest value for z$var
z <- z[!duplicated(z$id),]
# Sort so it looks nice
z <- z[order(z$id, z$var),]
# id var
# 1 4
# 2 3
# 3 5
# 4 2
Edit: Acabei de perceber que a ordem inversa acima nem precisa ser ordenada id. Você pode simplesmente usar z[order(z$var, decreasing=TRUE),]e ele também funcionará.
Mais um pensamento ... Se a varcoluna for numérica, existe uma maneira simples de classificar, de modo que idesteja subindo, mas vardescendo. Isso elimina a necessidade da classificação no final (supondo que você queira que ela seja classificada).
z <- data.frame(id=c(1,1,2,2,3,4),var=c(2,4,1,3,5,2))
# Sort: id ascending, var descending
z <- z[order(z$id, -z$var),]
# Remove duplicates
z <- z[!duplicated(z$id),]
# id var
# 1 4
# 2 3
# 3 5
# 4 2