Idéias para o software "lab notebook"?


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Portanto, este é um ajuste estranho, embora realmente eu pense que seja um ajuste estranho para qualquer site, então pensei em experimentar aqui, entre meus irmãos que processam dados.

Cheguei à epidemiologia e bioestatística da biologia e ainda tenho alguns hábitos desse campo. Um deles é manter um caderno de laboratório. É útil para documentar pensamentos, decisões, reflexões sobre a análise etc. Tudo em um só lugar, tudo comprometido para que eu possa analisar a análise mais tarde e ter alguma pista do que fiz.

Mas seria bom mudar isso para o século XXI. Principalmente porque, embora o sistema de notebook do laboratório seja decente o suficiente para uma pessoa e para documentar decisões, seria bom poder anexar gráficos da EDA, e-mails dos gerentes de dados discutindo um conjunto de dados específico etc.

Suponho que isso envolverá a montagem de meu próprio sistema a partir de uma união profana de muitos bits diferentes, mas alguém está atualmente usando um sistema e tem alguma recomendação?


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Eu acho que pode ser bom avô (ou seja, deixar em aberto) esta discussão.
gung - Restabelece Monica

Respostas:


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Estes são chamados de ELN (Electronic Lab Notebooks).

Aqui estão algumas das opções de código aberto que eu observei:

  1. O Caderno Sábio .

  2. O novo IPython Notebook , que agora pode ser executado como um aplicativo da Web no EC2 e Azure.

  3. Leo, que pode ser usado com o IPython e de várias outras maneiras.

  4. Várias soluções wiki, blogs e CMS.


Acabei usando um wiki gratuito do Wikispaces como meu atual substituto experimental de caderno de laboratório.
Fomite 15/10

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O meu favorito: Evernote . Você pode marcar entradas (por exemplo, 'análise', 'ideia' etc.), colar imagens e gráficos e compartilhar blocos de anotações com os colaboradores. E: é basicamente gratuito (bem, freemium). Mas a edição gratuita é absolutamente suficiente para mim.


Além disso, existem aplicativos gratuitos para Android e iOS.
Jose Zubcoff 12/10

+1 Acho que o aplicativo móvel para o Evernote é particularmente útil quando circula entre laboratórios ou anota um pensamento quando está longe de um computador.
jthetzel

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Eu nunca o usei pessoalmente, mas a Microsoft possui um software no pacote Office chamado OneNote que cumpre uma meta semelhante às especificações do notebook de e-lab. Consulte o site deles para obter mais informações. Eles também oferecem um teste gratuito fornecido com o MS Office aqui .


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@mbq você encontrou um substituto decente do Linux para o Onenote?
18713 Andreas-h

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Achei o Xmind útil. Você pode anexar qualquer coisa, e a estrutura em árvore é realmente útil para organizar. Eu gosto especialmente do recurso em que você pode detalhar o nó (tópico). Existem produtos de software mais semelhantes que exploram o mesmo conceito.


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Freeplane e Freemind são duas alternativas gratuitas que usei para vários projetos. Uma nova bifurcação do FreeMind é o SciPlore MindMappings, que inclui suporte para referências do BibTeX e importação de favoritos de um PDF.
Wayne

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Pessoalmente, encontrei o 'smartpen' do Livescribe que um Deus envia.

ele mescla o fiel 'charme do velho mundo' de um caderno de papel e caneta tradicional, mas inclui a capacidade de gravar som (que sincroniza com os traços da caneta), pronto para revisão posterior. NB- há uma desvantagem e é que você precisa comprar papel especial que funcione com a caneta ..... balanços e rodadas realmente

O áudio / caneta é carregado na web e, em seguida, anexado a muitos dos outros programas já mencionados acima.

Os alunos que eu ensino (biomecânica) adoram isso e descobrem mais tarde estudar conceitos difíceis muito mais fácil do que antes (pré-gravação)


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Você pode querer conferir a versão beta mais recente do Zotero , que agora é autônoma e não requer Firefox.


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Zotero é um gerente de bibliografia, não um ELN.
Nico

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@nico: Eu acredito que você pode armazenar o que quiser no Zotero, incluindo seus próprios documentos. Não é exatamente um ELN, mas é gratuito e facilitaria a inclusão (e a indexação) de outros materiais também.
Wayne

claro, e é ótimo que você o tenha mencionado (eu o uso muito e é incrível), mas existem outras alternativas de código-fonte que são pensadas especificamente como ELN, então por que não usá-las?
Nico

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Confira este artigo, Embelezando dados no mundo real , da Nature Precedings, para algumas idéias.


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que é um artigo bom, mas ele iria ajudar a resumir algumas das informações em sua resposta
Abe

Oi @ Abe, Sim, isso seria mais útil. Eu não li o artigo, encontrei-o ontem e não estou particularmente interessado no tópico. Eu pensei que iria compartilhar de qualquer maneira.
Charlie

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Que tal um Boogie Board? Você pode escrever suas anotações em uma lousa e gravá-las como a mesma idéia da caneta LiveScribe, mas pode salvá-las como arquivos PDF ... Ainda não saiu, mas será em menos de um mês.


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NomanJaved
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