Embora possa ser de pouca ajuda, o problema que você me apresenta é sinônimo do problema " Alteração de suporte " encontrado ao usar unidades de área. Embora este trabalho apenas apresente uma estrutura para o que você descreve como "reglarizar e interpolar" usando um método conhecido como "kriging". Acho que nenhum deste trabalho ajudará a responder sua pergunta sobre se estimar seus valores ausentes na série influenciará as estimativas de correção de erros, embora se algumas de suas amostras estiverem em intervalos de tempo agrupados para ambas as séries, você pode estar capaz de verificar por si mesmo. Você também pode estar interessado na técnica de "co-krigagem" desse campo,Pierre Goovaerts ).
Mais uma vez, não tenho certeza de como isso será útil. Pode ser substancialmente mais simples usar apenas as técnicas atuais de previsão de séries temporais para estimar os dados ausentes. Também não ajudará você a decidir o que estimar.
Boa sorte e mantenha o tópico atualizado se encontrar algum material pertinente. Eu estaria interessado e você pensaria que, com a proliferação de fontes de dados on-line, isso se tornaria uma questão pertinente para pelo menos alguns projetos de pesquisa.