Não está errado e será equivalente ao teste que assume variações iguais. Além disso, com dois grupos, sqrt (estatística f) é igual ao (valor absoluto da) estatística t. Estou um pouco confiante de que um teste t com variações desiguais não é equivalente. Como você pode obter estimativas apropriadas quando as variações são desiguais (as variações geralmente são sempre desiguais em algumas casas decimais), provavelmente faz sentido usar o teste t, pois é mais flexível que uma ANOVA (supondo que você tenha apenas dois grupos).
Atualizar:
Aqui está o código para mostrar que a estatística t ^ 2 para o teste t de variância igual, mas não o teste t desigual, é a mesma que a estatística f.
dat_mtcars <- mtcars
# unequal variance model
t_unequal <- t.test(mpg ~ factor(vs), data = dat_mtcars)
t_stat_unequal <- t_unequal$statistic
# assume equal variance
t_equal <- t.test(mpg ~ factor(vs), var.equal = TRUE, data = dat_mtcars)
t_stat_equal <- t_equal$statistic
# anova
a_equal <- aov(mpg ~ factor(vs), data = dat_mtcars)
f_stat <- anova(a_equal)
f_stat$`F value`[1]
# compare by dividing (1 = equivalence)
(t_stat_unequal^2) / f_stat$`F value`[1]
(t_stat_equal^2) / f_stat$`F value`[1] # (t-stat with equal var^2) = F