Encontrei um método que faz exatamente isso (uma árvore de decisão, onde as folhas contêm uma regressão linear em vez de um valor médio). Eles são chamados de árvores modelo [1] e um exemplo é o algoritmo M5P [2] da weka. No M5P, uma regressão linear é em cada folha.
Edit: Encontrei outro pacote / modelo que faz algo semelhante e parece fornecer resultados muito bons para meus conjuntos de dados: cubist. Uma implementação em R é dada pelo pacote cubista [3]. O Cubist adiciona um conjunto aprimorado ao M5P e o que ele chama de 'correções baseadas em instância'.
[1]: Torgo, L. Modelos funcionais para folhas de árvore de regressão. Em Anais da 14ª Conferência Internacional sobre Aprendizado de Máquina, pp. 385–393. Morgan Kaufmann, 1997.
[2]: M5P http://weka.sourceforge.net/doc.dev/weka/classifiers/trees/M5P.html
[3]: Modelo cubista Cubista: modelagem de regressão baseada em regras e instâncias https://cran.r-project.org/web/packages/Cubist/index.html