Montagem de um GLM de Poisson em R - problemas com taxas x contagens


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Atualmente, estou trabalhando em um projeto envolvendo GLMs (e eventualmente GAMs) de alguns dados de contagem ao longo do tempo. Normalmente eu faria isso no SAS, mas estou tentando mudar para R e tendo ... problemas.

Quando encaixo um GLM para contar dados usando o seguinte:

cdi_model <- glm(counts ~ exposure + covariate + month, data=test, family = poisson)

Eu recebo:

Deviance Residuals: 
    Min       1Q   Median       3Q      Max  
-1.9825  -0.7903  -0.1187   0.5717   1.7649  

Coefficients:
            Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)    
(Intercept)  1.97563    0.20117   9.821  < 2e-16 ***
exposure     0.94528    0.30808   3.068  0.00215 ** 
covariate   -0.01317    0.28044  -0.047  0.96254    
months      -0.03203    0.01303  -2.458  0.01398 *  
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1   1 

(Dispersion parameter for poisson family taken to be 1)

    Null deviance: 40.219  on 29  degrees of freedom
Residual deviance: 29.297  on 26  degrees of freedom
AIC: 137.7

Number of Fisher Scoring iterations: 5

Ignore por um momento a performance, ou a falta dela, do próprio modelo - principalmente jogando com sintaxe e coisas semelhantes neste momento.

No entanto, quando tento ajustar dados de taxa (contagens / pessoa-dia) e usar um deslocamento da seguinte forma: cdi_model <- glm(count_rate ~ exposure + covariate + months + offset(log(pd)), data=test, family = poisson)

Recebo mais de 50 avisos, todos "1: In dpois (y, mu, log = TRUE): não inteiro x = 0,002082" etc. Isso é mais do que um para cada observação (há apenas 30 no conjunto de dados).

Além disso, o ajuste do modelo parece ir para o pote. Saída da seguinte forma:

 Deviance Residuals: 
       Min          1Q      Median          3Q         Max  
-0.0273656  -0.0122169   0.0002396   0.0072269   0.0258643  

Coefficients:
             Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) -15.40110   15.12772  -1.018    0.309
exposure      0.84848   22.18012   0.038    0.969
covariate    -0.02751   21.31262  -0.001    0.999
months       -0.01889    0.95977  -0.020    0.984

(Dispersion parameter for poisson family taken to be 1)

    Null deviance: 0.0068690  on 29  degrees of freedom
Residual deviance: 0.0054338  on 26  degrees of freedom
AIC: Inf

Number of Fisher Scoring iterations: 9

Apesar disso, se eu plotar a taxa prevista em relação aos dados reais, o ajuste não parece muito pior e a estimativa do efeito real não parece mudar muito.

Alguém tem uma idéia do que está acontecendo - ou se tudo está dando certo e estou sentindo falta de algo devido à inexperiência?

Respostas:


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Quando você adiciona o deslocamento, não precisa (e não deve) também calcular a taxa e incluir a exposição.

Não sei se essa é a causa dos erros, mas se a exposição por caso for dias-pessoa pd, a variável dependente deve ser countse o deslocamento deve ser log(pd)assim:

cdi_model <- glm(counts ~ covariate + months + offset(log(pd)), 
                 data=test, family = poisson)

(+1) Às vezes, tenho visto epidemiologistas chamarem qualquer variável de interesse independente de "exposição" (por exemplo, "exposição a fumar cigarros"). Mas boa captura, você definitivamente não deve usar a taxa como variável dependente.
Andy W

Eu teria imaginado que a variável 'meses' é a duração da exposição, mas o princípio seria o mesmo.
Aniko

@ Aniko Acho que descobriremos em breve. Eu estava pensando que se é razoável pensar em uma taxa como (counts/thing)o modelo linear logarítmico é quase sempre counts ~ ... + offset(log(thing)). E enquanto nós estamos adivinhando as coisas, eu também prevêem que log(pd) == exposure...
conjugateprior

Para esclarecer algumas coisas - Andy W está correto. "Exposição" é na verdade uma variável independente de interesse (nesse caso, uma mudança na política). Meses é apenas "meses desde a data X" para permitir algum controle de tendências nos dados.
Fomite 12/04

@ConjugatePrior Ao usar o modelo em sua resposta, a saída do modelo não deve estar em uma taxa? A execução parece exibir tudo como uma contagem bruta, apesar da inclusão do deslocamento. Ou há outro passo que estou perdendo?
Fomite 12/04
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