Código MCMC de salto reversível (Matlab ou R)

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Alguém sabe de algum código bem escrito (em Matlab ou R) para MCMC de salto reversível? De preferência, um aplicativo de demonstração simples para complementar os trabalhos sobre o assunto, que seria útil para entender o processo.

r matlab references mcmc

— usuario
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Há discussões sobre a adição de MCMC de salto reversível ao OpenBUGS, na página 288 do The BUGS Book e o WinBUGS possui, acredito, um módulo de salto. Alguém ouviu falar de algum desenvolvimento semelhante para o JAGS? Existe alguma maneira de escrever código JAGS para obter o efeito de variar a dimensionalidade? É simplesmente uma questão de definir dimensões maiores que o necessário?

— Jan Galkowski

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O RJMCMC foi introduzido por Peter Green em um artigo de 1995 que é um clássico de citação. Ele escreveu um programa Fortran chamado AutoRJ para RJMCMC automático; sua página neste link para o programa C de David Hastie, AutoMix . Há uma lista de softwares disponíveis gratuitamente para vários algoritmos RJMCMC na Tabela 1 de um artigo de 2005 de Scott Sisson . Uma pesquisa no Google também encontra alguns pseudocódigos de um grupo da Universidade de Glasgow que podem ser úteis para entender os princípios, se você quiser programá-lo.

— uma parada
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O livro Análise Bayesiana para Ecologia Populacional de King et al. descreve o RJMCMC no contexto da ecologia populacional. Eu achei a descrição muito clara e eles fornecem o código R no apêndice.

O livro também tem uma página da web associada , mas parte do código encontrado no livro não está no site.

— csgillespie
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eles fornecem o código WinBUGS para RJMCMC? Então, o WinBUGS é capaz de RJMCMC?

— Curioso

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@ Tomas Alguém editou minha resposta e mudou R para WinBUGS. Pelo que me lembro, o livro fornece código R.

— precisa saber é o seguinte

Obrigado. (+1) Btw, você achou o RJMCMC útil para ecologia populacional? Ainda não encontrei nenhum exemplo em que pudesse ser útil. Sempre posso usar o aumento de dados, por exemplo, no MCMC padrão e ele faz o trabalho para mim. Note que eu não tenho o livro .. é bom?

— Curioso

@Tomas O livro usa o RJMCMC para a escolha do modelo. Achei a descrição bastante agradável. Eu precisava usar o RJMCMC com raiva, no entanto.

— csgillespie

"com raiva"?? O que você quer dizer?

— Curioso

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Basta adicionar um detalhe à resposta da @ onestop: Acho que o software C lançado por Olivier Cappé (CT / RJ MCMC) é muito útil para entender o algoritmo MCMC de salto reversível (em particular, como projetar as probabilidades para a morte e a divisão de nascimento). movimentos de mesclagem). O link para o código-fonte é: http://perso.telecom-paristech.fr/~cappe/Code/CTRJ_mix/About/

— Xiangju
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Jailin Ai faz uma apresentação bastante agradável do RJ MCMC juntos (embora pareça muito próximo ao artigo original de Green) com o código R como parte da tese de mestrado em Leeds. Também fornece um exemplo detalhado de problemas de mudança de ponto, que também estão incluídos no documento de Green de 1995.

Encontre a tese e o código aqui:

http://www1.maths.leeds.ac.uk/~voss/projects/2011-RJMCMC/

— Jack O'Brien
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Nando de Freitas fornece demonstrações sobre o uso do algoritmo MCMC de salto reversível para estimativa de parâmetros de redes neurais. Este modelo trata o número de neurônios, parâmetros de modelo, parâmetros de regularização e parâmetros de ruído como variáveis aleatórias a serem estimadas.

O código e a redação estão disponíveis aqui: http://www.cs.ubc.ca/~nando/software.html

— Vadim Smolyakov
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