Configurando Sweave, R, Latex, Eclipse StatET [fechado]

Alguns dias atrás, vi um post sobre como configurar um SweaveR, que permitiria ao usuário exportar diretamente coisas como tabelas, gráficos etc. para o látex. Eu não conseguia seguir as instruções.

Alguém pode dar instruções passo a passo sobre como fazer isso no Mac e no Windows?

Uso o Eclipse / StatEt para produzir documentos com Sweave e LaTex e acho o Eclipse perfeito como um ambiente de edição. Posso recomendar os seguintes guias:

• Guia pdf de Longhow Lam
• Postagem de Jeromy Anglim (observe que isso inclui informações sobre a instalação do pacote RJ necessário para as versões mais recentes do StatEt.)

Eu também uso o MikTex no Windows e acho que tudo funciona muito bem quando é configurado. Há também algumas boas perguntas e respostas no Stack Overflow .

Para mim, descobri que o Eclipse era um exagero na criação de artigos científicos. Portanto, para o Windows, o que fiz foi o seguinte: Instale o Miktex 2.8 (? Não tenho certeza da versão). Certifique-se de instalar o Miktex em um diretório como C: \ Miktex, pois o Latex odeia caminhos de arquivos com espaços neles. Certifique-se de selecionar a opção para instalar pacotes em tempo real.

Verifique também se o R está instalado em algum lugar que o Latex possa encontrá-lo, ou seja, em um caminho sem espaços. Instalei o TechNix Center como meu programa para gravar documentos, mas existem muitos outros, como WinEdt, eclipse, texmaker ou Emacs. Agora, verifique se você tem \ usepackage {Sweave} e usepackage {graphicx} em seu preâmbulo. Como eu tenho certeza que você sabe, você precisa colocar <> = no início do seu bloco R e terminar com @. Você precisará do pacote xtable ou Hmisc para converter objetos R em um formato de látex.

Eu gosto do xtable, mas você provavelmente precisará fazer alguns malabarismos com objetos para obtê-lo de uma forma que o xtable aceite (saídas lm, quadros de dados, matrizes). Ao inserir uma tabela, certifique-se de colocar a opção results = tex em seu preâmbulo para o pedaço de código e, se você precisar de uma figura, verifique se a opção fig = TRUE também está lá. Você também pode gerar apenas um valor por bloco, então lembre-se disso. Algo para ter muito cuidado é que o código R está no extremo esquerdo da página, como se estivesse dentro de um ambiente, e será ignorado (isso levou muito tempo para descobrir).

Você precisa salvar o arquivo como .Rnw - verifique se qualquer programa tex que você usa não anexa um .tex depois disso, pois isso causará problemas.

Em seguida, execute o R CMD Sweave foo.Rnw na linha de comando ou, no R, execute o Sweave ("foo.Rnw"). Inevitavelmente, ele falhará em algum momento (especialmente se você não tiver feito isso antes); portanto, basta depurar o arquivo .Rnw, enxaguar e repetir.

Se for a primeira vez que você fizer isso, poderá ser mais fácil codificar todas as análises R de dentro de re usar as instruções de impressão para inseri-las no LaTex. No entanto, eu não recomendaria isso como uma boa idéia, como se você descobrisse que seu arquivo de dados tem erros no final deste procedimento (como fiz no fim de semana passado), será necessário executar novamente todas as suas análises, que, se você pudesse do látex desde o início, pode ser evitado.

Além disso, os cálculos do Sweave podem levar algum tempo; portanto, você pode usar o cacheSweave do pacote R para salvar as análises de nova execução. Aparentemente, o destaque do pacote R permite a codificação por cores do código R nos documentos, mas eu não o usei.

Eu nunca usei látex ou R em um Mac, então deixarei essa explicação para outra pessoa. Espero que isto ajude.

O RStudio (rstudio.org) facilita bastante as coisas, assumindo que o LaTeX já esteja instalado no seu sistema. Há um botão PDF que executa o código no Sweave, depois no pdflatex e inicia um visualizador de pdf.

Eu instalei este conjunto recentemente e segui as instruções conforme as instruções aqui .

Existem links para todos os componentes de software necessários. Eu uso o MiKTex para todos os componentes do LaTex.

Existem algumas armadilhas se você planeja usar janelas de 64 bits, pois precisará do tempo de execução java de 64 bits adicional. Isso é muito fácil de superar, se você acessar o java.com em um IE de 64 bits e verificar sua instalação, ele indicará o instalador de 64 bits que, de outra forma, é difícil de encontrar.

Para evitar mexer com as variáveis ​​de caminho, simplesmente extraí a pasta eclipse em C: \ Arquivos de Programas, pois é onde java vive e R. de 64 bits. A partir daqui, as opções de configuração no eclipse podem ser executadas facilmente e encontrar os parâmetros apropriados.

Eu espero que isso ajude.