OpenBugs vs. JAGS

41

Estou prestes a experimentar um ambiente de estilo BUGS para estimar modelos bayesianos. Existem vantagens importantes a serem consideradas na escolha entre OpenBugs ou JAGS? É provável que um substitua o outro em um futuro próximo?

Usarei o Gibbs Sampler escolhido com R. Ainda não tenho uma aplicação específica, mas estou decidindo qual intall e aprender.

— DanB
fonte

3

pergunta semelhante: stats.stackexchange.com/q/33315/5509

— Curioso

34

O BUGS / OpenBugs possui um sistema de compilação peculiar que dificultava a compilação do código em alguns sistemas - como Linux (e IIRC OS X), onde as pessoas tinham que recorrer à emulação do Windows etc.

Jags, por outro lado, é um projeto completamente novo, escrito com ferramentas GNU padrão e, portanto, portátil para qualquer lugar - e, portanto, utilizável em qualquer lugar.

Então, resumindo, se o seu sistema for Windows, você terá uma escolha e um custo potencial de ficar preso aos Bugs se você se mudar. Se você não estiver no Windows, é provável que o Jags seja a melhor escolha.

— Dirk Eddelbuettel
fonte

6

No Linux Window, a emulação não é necessária, a biblioteca compartilhada pode ser usada diretamente. Apenas a interface gráfica não está funcionando desta maneira, mas isso não deve ser um problema para DanB como eles querem chamá-lo de R.

— GaBorgulya

1

@GaBorgulya Apesar disso, se eu estivesse escolhendo entre duas ferramentas, escolheria a que funcionasse totalmente no sistema escolhido.

— fomite

1

Atualmente, o pacote BRugs não é suportado no Linux de 64 bits, conforme declarado na documentação, e isso pode resultar em problemas como o que eu enfrentei C falha ao compilar ao tentar descobrir como usar o plot.coda com o Saída do mcmc.list de rjags em duas perguntas neste site e SO que permanecem sem resposta.

— David LeBauer

13

Para quem encontra essa pergunta no caminho: agora também há Stan . Stan pode um dia substituir o OpenBUGS e JAGS, mas ainda não suporta todas as análises que esses outros pacotes fazem.

— Jack Tanner
fonte

4

Quase um ano depois, pensei em comentar isso. Os desenvolvedores parecem dedicados, e as coisas que planejam adicionar a ele (inferência variacional!) Apontam para Stan inevitavelmente substituindo o OpenBUGS e o JAGS. Dito isto, não confio no momento e, a partir de agora, só o usaria quando o JAGS não fosse uma opção. Parece exigir mais ajustes para obter resultados sensíveis em problemas complicados, em vez de menos. Stan não usa a amostra de Gibbs, e para problemas em que eu sei que Gibbs funcionará, não posso justificar usá-la. Acho que, no futuro, esses problemas serão resolvidos.

— cara,

1

@ MattTagg Não acho que minha avaliação tenha mudado, mas não sou especialista. Eu usei muito e melhorei com isso, mas não acompanhei todos os desenvolvimentos deles. Há vários modelos em que eu gostaria de poder misturar NUTS com atualizações simples de amostragem de Gibbs (uma mistura de JAGSe STANessencialmente), mas isso não parece estar no horizonte tão cedo, STANembora certamente seja possível.

— cara

1

legal, bom saber obrigado. prestes a começar a trabalhar com a nova edição de "Fazendo análise de dados bayesiana" com exemplos atualizados no JAGS e STAN.

— cavalcade 25/11

1

Verifique novamente para ver a comparação mais recente de JAGS e STAN. Qual é o melhor agora e qual é o mais provável que seja melhor no futuro?

— itpetersen

Foi postada uma pergunta solicitando ajuda para converter um modelo de bugs para stan: stackoverflow.com/questions/53809468/… . - qualquer ajuda seria muito apreciada.

— Krantz

5

Eu recomendo que você salve sobre openbugs por motivos de velocidade. Eu tentei tanto em um sistema Linux, e jags é muito mais rápido.

— mra
fonte

3

isso pode ser específico do problema embora ...

— Ben Bolker

5

Acho que os jags funcionam de maneira mais suave no Linux e são mais fáceis de configurar, mas atualmente não suportam as análises espaciais suportadas pelo GeoBUGS. Então, eu uso o OpenBUGS.

— astaines
fonte