Respostas:
O MovieCaptioner pode importar arquivos SRT e exportar legendas do SCC incorporadas a um filme QT. Requer QT Pro e o plugin ClosedCaptionImporter.compent gratuito para QT da Apple.
Há uma diferença entre legendas antigas e legendas ocultas. Produzir legendas ocultas verdadeiras é extremamente difícil.
O único software que deparei com legendas ocultas e não custa uma pequena fortuna é o QuickTime Pro.
Links relevantes (algum conteúdo é duplicado):
Link do PDF: http://www.ksd.k12.ky.us/trt/Closed_Captioning_with_QuickTimePro.pdf
http://amymangrich.com/wordpress/?p=28
http://www.wonderhowto.com/how-to-create-captioned-podcasts-with-quicktime-pro-245019/
Discussão secundária interessante sobre CCing: http://forum.handbrake.fr/viewtopic.php?f=26&t=500&p=25841
Discussão sobre a conversão de DVDs com CC para MP4 com legendas: http://forum.videohelp.com/threads/303281-DVD-s-with-closed-captions-to-MP4-s-with-subtitles