Tecnicamente, os arquivos compactados não compactam ainda mais, algo sobre um limite de entropia ou algo assim, esqueço os detalhes, mas o máximo que você consegue obter é menos de 2% que eu já vi.
A maioria dos bons compressores verifica a compactação e simplesmente armazena arquivos não compactáveis, pois a compactação aumentaria a sobrecarga e aumentaria o tamanho.
Obviamente, há o trabalho e o tempo de analisar o arquivo em primeiro lugar.
Conforme discutido em outras respostas, a execução de várias passagens no conjunto de arquivos provavelmente será a melhor solução e poderá ser facilmente executável por script.
Crie o arquivo 7z e adicione tudo, exceto os arquivos compactados de uma só vez, depois acrescente os arquivos pré-compactados como dados não compactados. (Eu faria dessa maneira, pois o material compactável estaria no início do arquivo e o não compactável, tudo no final. Seria o fluxo da unidade mais rápido, pois é contíguo)
(usado 'comprimir ...' demais!)