hiberfil.sys é o arquivo de hibernação, onde o Windows grava o conteúdo da memória do seu sistema quando ele hiberna. Eu acredito que deve ser seguro excluir enquanto o sistema estiver em execução, mas eu gostaria de obter confirmação de alguém que conhece o Windows melhor antes de fazer qualquer coisa.
pagefile.sys é, bem, o arquivo de paginação, análogo à partição swap no Linux (se isso ajudar em tudo). O sistema usa-o para obter memória extra quando o espaço na RAM fica insuficiente (ele é 'paginado' para esse arquivo, portanto, 'arquivo de paginação'). É extremamente lento (em relação à RAM), mas geralmente melhor do que ficar sem memória por completo. Você NÃO deve excluir este arquivo, pelo menos enquanto o sistema estiver em execução.
Editar:-
Você pode controlar a existência e o tamanho do arquivo de paginação, pelo menos no XP: Propriedades do sistema-> Avançado-> Desempenho / Configurações-> Avançado / Alterar.