Eu tive esse mesmo problema ao trabalhar com arquivos EPUB.
No Windows 7, eu o consertei com esse truque estranho, onde certificava-se de classificar todos os arquivos que eu criaria em um zip, de maneira que fizesse digitar o arquivo na parte superior (classificando-os por tamanho geralmente). Depois, certifiquei-me de marcar todos os arquivos de cima para baixo com o cursor antes de enviá-los para uma pasta compactada (zip) (assim: https://support.microsoft.com/en-us/help/14200/ windows-comprimir-descompactar-arquivos-zip ). Depois disso, eu poderia mudar o nome e o tipo de arquivo para qualquer .epub.
No entanto, após a atualização para o Windows 10, esse truque não funcionou mais. Felizmente eu encontrei outro caminho. Primeiro, você envia o arquivo que deseja na parte superior (tipo mimético) do arquivo zip para uma pasta compactada (zip). Verifique se é apenas esse arquivo. Depois que eu pego os outros arquivos que quero zipar (duas pastas no meu caso), marque-os com o cursor e arraste-os para o arquivo zip que acabei de criar. O Windows adicionará os novos arquivos ao arquivo zip e manterá o arquivo que você originalmente zipou no topo.