-codec:s:0:1está incorreto. Se você usar -codec:s:0, o ffmpeg usará o codec indicado para o primeiro fluxo de legenda que está sendo transmitido para a saída; se você usar -codec:s:1, ele o usará para o segundo fluxo de legenda, etc.
Você também pode usar -codec:spara selecionar todos os fluxos de legenda de saída ou -codec:2para selecionar o terceiro fluxo de saída, independentemente do que seja.
Você provavelmente está confuso porque a -mapopção se comporta de uma maneira diferente - lá, você precisa selecionar de qual entrada o fluxo selecionado vem. (assim, -map 0:s:0pegaria o primeiro fluxo de legenda da primeira entrada e o alimentaria na saída). No entanto, -mapé para selecionar quais fluxos você deseja obter das entradas; enquanto a maioria das outras opções que usam o mapeamento de fluxo é para uso nos fluxos depois que eles foram selecionados (portanto, não é necessário especificar de qual arquivo de entrada eles são), pois eles são passados para a saída.