Eu acredito que o núcleo sozinho não é a resposta. O Windows 7 é a primeira vez que o Windows foi responsivo o suficiente para que eu considere aceitável.
Acredito que mais do diferencial de velocidade esteja relacionado aos pensamentos de @ RobinJ sobre engenharia de software. Tudo * no Windows é criado no MSDN por meio de algum tipo de estrutura da Microsoft ou de outra. Na verdade, isso está relacionado a como o Big Business ama a Microsoft; A Microsoft tem tudo a ver com ajudar diferentes programas / suítes / tecnologias a se comunicarem.
Em seguida ... para tornar mais fácil para os desenvolvedores cobrir o essencial (e não reinventar a roda), a Microsoft permite que os fabricantes agrupem e / ou exijam bibliotecas pré-compiladas como o Microsoft Visual C ++ 2008 Redistributable. Ou .Net4.0, MSSQL 2005, ad nauseum. Há algo como dez anos em pacotes que os desenvolvedores podem usar e desenvolver e exigem que os usuários finais instalem em seus computadores Windows para usar o novo software.
Portanto, para que o programa Zyzzyx carregue e execute, uma ou mais bibliotecas redistribuíveis do MSDN precisam estar presentes e em execução. Essas bibliotecas determinam como os programas interagem com o sistema operacional.
Para resumir, eu diria que a compatibilidade intencional do Windows por décadas de software o torna inchado e, ocasionalmente, mais lento que um sistema linux comparável. Observe também que desenvolvi software visual para Windows, mas não para Linux ... não GTK, Qt, Py, nada, então minhas suposições sobre o Linux menos inchado são exatamente isso.
editado para adicionar: além disso, o software FOSS tem pessoas que o aprimoram o tempo todo, de modo que o GTK melhora com o passar do tempo, em vez de o GTK-2005 e o GTK-2008 estarem no mesmo computador, enquanto a Microsoft faz isso o tempo todo.
* - ok, há exceções, tenho certeza.