Você está exatamente certo, significa colher a farinha e nivelá-la.
Se você colher a farinha, o que significa que você mergulha o copo medidor no recipiente e retira uma grande quantidade, a pressão compacta mais farinha no copo medidor. Quando você a coloca no copo medidor, a farinha fica menos compacta (portanto, há menos na mesma medida de 1 xícara). Diferenças sutis como essa podem significar uma grande diferença no resultado final ao assar.
Se você medir 1 xícara peneirada, 1 colherada e 1 colherada em uma balança, obterá três resultados diferentes (do mais leve ao mais pesado). É por isso que sou um grande fã de receitas que usam medidas de peso para os ingredientes.