Sim, isso faz diferença. Em um forno convencional (mesmo um com ventilador de convecção), qualquer coisa colocada no rack inferior absorve menos calor de radiação do elemento do forno. Isso significa tempos de cozimento mais longos e possivelmente a necessidade de um ajuste de temperatura mais alto.
Se você estiver seguindo uma receita, é melhor usar o rack que a receita indicar. Se a receita não especificar, geralmente é projetada para o rack central.
Agora, usar um rack diferente é completamente diferente de assar uma coisa em cima de outra, em uma prateleira mais alta. Isso terá um efeito significativo sobre o que está por baixo, e se for particularmente sensível ao tempo e à temperatura (muitos produtos de panificação são), é muito provável que falhe completamente. Certa vez, tentei assar duas camadas de pastéis de nata e as do fundo ainda estavam praticamente cruas quando a tampa estava pronta. Duvido que você encontre um sucesso muito melhor com bolos.
Um ventilador de convecção pode ajudar nesse caso, mas ainda não acho que seja suficiente para compensar o gradiente de temperatura que você criaria "eclipsando" um prato embaixo de outro no mesmo forno. Você está literalmente impedindo que o calor alcance o prato inferior.