Ambos são milho moído (milho, como o faria na Europa). A diferença é que a farinha de milho geralmente é moída com uma textura muito mais fina que a farinha de milho.
Enquanto em alguns contextos (como empanar frango), ambos podem ser usados, você obterá resultados texturais diferentes. Em geral, você deseja usar o produto certo.
Por exemplo, os muffins de milho são normalmente feitos com farinha de milho e, se feitos com farinha de milho, seriam muito mais densos e sem a sensação na boca proporcionada pelos grãos individuais de farinha de milho.
Atualização: em alguns lugares, polenta é outro termo para farinha de milho (bem como para o mingau ou mingau feito com a farinha de milho).
Masa é milho seco tratado com lixívia, que foi moído. É amplamente utilizado nas cozinhas do sudoeste, central e sul-americana, incluindo as tortilhas de milho e os tamales.