Eu já vi isso acontecer mais de uma vez. Embora eu não conheça toda a teoria por trás disso, cada vez que aconteceu, havia algo logo abaixo do buraco, vamos chamá-lo de "o caroço".
O que eu acho que acontece é que o caroço é muito pesado. Quando a massa abaixo tenta subir, não tem força para empurrar o caroço. Isso pode ser combinado com diferenças na transferência de calor durante a transição massa / massa para impedir a subida (tenho certeza de que elas existem, mas não sei se elas têm algum efeito). O resultado é um buraco onde a massa não subiu, cercada por massa bem levantada.
Quanto à origem do caroço: você diz "bolo de chocolate e pêra". Se você tem pedaços de pêra na massa, logo abaixo da superfície, eles podem fazer isso. Eu certamente vi isso acontecer quando a receita inclui pedaços de frutas na massa. Se não houver pedaços de pêra, meu segundo palpite é farinha mal dissolvida. As instruções para esse tipo de bolo normalmente incluem dobrar os brancos com muita delicadeza, e geralmente errar ao lado de muito pouco bater. Isso pode contribuir para a textura irregular da massa, resultando em caroços.
No segundo caso, o bolo pode ter alguns pedaços menos agradáveis, mas ainda será bom. Se são frutas, os buracos são puramente um problema cosmético. Portanto, não há muito dano causado de qualquer maneira, a menos que você esteja disputando um prêmio em uma competição de panificação.