Não deve haver nenhuma diferença significativa entre uma cultura caseira de fermento caseiro e uma que é originária de algo que você comprou (suponho que seja a cultura que o rei Arthur Flour Co vende on-line). De fato, não importa onde você comprou sua cultura inicial, com o tempo a flora bacteriana local eliminaria as bactérias que estavam na cultura que você comprou. Mas, tenho certeza de que a infecção por fungos não tem nada a ver com bactérias nocivas. (Bactérias ruins também podem prejudicar um iniciante, mas isso seria um conjunto diferente de sintomas do tapete verde na parte superior.) Pode ser que o iniciador não fique bem estabelecido, mas não parece que esse foi o problema se você fez um pouco de pão com sucesso.
Em uma cultura de fermento, o ácido produzido pelas bactérias e o álcool produzido pela levedura criam um ambiente que resiste às bactérias ruins (como a salmonela) ou mofo. Mas a cultura precisa ser bastante ativa para manter sua resistência. Depois de duas semanas em uma geladeira quente, seu fermento ficaria dormente e as bactérias provavelmente ficariam exuberantes por um tempo (depois que o fermento dormisse) e depois começaram a morrer também.
Em uma geladeira quente, você poderia passar uma semana sem alimentar a cultura. À temperatura ambiente, é um dia ideal e dois dias no máximo. A melhor maneira de evitar a infecção é ter dois pequenos recipientes cobertos com cerca de 1 ½ a 2 xícaras de tamanho. Para fazer uma nova geração de sua partida, comece com um recipiente limpo, adicione partes iguais em peso da geração anterior de partida, farinha e água. Por exemplo, 25 gramas de entrada, mais 25 gramas de farinha e 25 de água. Misture e coloque na geladeira. Em uma semana, pegue o outro recipiente, limpe-o e faça a mesma coisa novamente.
Eu sempre mantenho a geração antiga em seu contêiner como um backup (em caso de mofo ou outra infecção). Você só precisa manter o controle de qual contêiner tem o iniciador mais recente, para poder limpar o antigo ao criar a próxima geração. Fiz isso por mais de 3 anos sem nenhuma infecção.