Parece-me pelo menos possível, mas atualmente muito improvável. Para resumir o abaixo, é porque a declaração matemática atual de (digamos) P vs NP é completamente independente de qualquer lei da física, então seria necessário descrever novos modelos de computação que dependem de axiomas da física.
O ponto-chave que Peter Shor fez em seu comentário é que questões da teoria de CS, como P vs NP, se referem a modelos matemáticos muito simples e estilizados. Eles não são declarações sobre o mundo real. Eles apenas dizem "neste modelo matemático, ___ é verdadeiro".
Agora, muitas vezes temos leis empíricas, como a tese de Church-Turing, que afirmam que o mundo real age como esses modelos matemáticos. Mas essa é uma conexão unidirecional (não significa que os modelos matemáticos devem agir como o mundo real!). Para aprofundar o exemplo de Peter Shor, o teorema de Pitágoras precisa apenas das idéias de números reais e do plano / distância euclidiana. O modelo é muito mais simples que o mundo real e não envolve, por exemplo, gravidade, eletromagnetismo, termodinâmica, etc. E mesmo que o teorema de Pitágoras às vezes fosse falso na realidade por causa dessas complicações, isso não afetaria sua verdade matemática.
Da mesma forma, o modelo para a máquina de Turing e as definições de P, NP, etc, são muito mais simples que o mundo real. O modelo não envolve coisas como gravidade, entropia termodinâmica, etc. A verdade de P vs. NP não depende se a computação pode realmente acontecer eficientemente no mundo real.
Agora, parece-me hipoteticamente possível que, no futuro, possamos descobrir conexões mais próximas entre leis da física e leis da computação. O que aconteceria então é que o modelo matemático da Máquina de Turing precisaria ser expandido para dar conta dessas conexões. Seria necessário formular novas definições de P e NP para esse novo modelo e argumentar que elas são "melhores" que o antigo modelo e definições. Então, nesse novo modelo ciente da física, poderia-se ter axiomas da física usados em provas. Mas isso parece muito improvável / longe de acontecer, pelo menos para mim.