Alguns problemas na área da biologia computacional parecem adequados para aplicações práticas que não são artificiais - ou pelo menos não tão artificiais quanto os problemas mencionados por Jukka Suomela.
Por exemplo, as pessoas freqüentemente mencionam o trabalho de F. Abu-Khzam, R. Collins, M. Fellows, M. Langston, W. Suters C. Symons, Algoritmos de Kernelization para o Problema de Cobertura de Vértices: Teoria e Experimentos , Anais do 6º. Workshop de Engenharia de Algoritmos e Experiências (ALENEX), ACM / SIAM, Proc. Matemática Aplicada 115, 2004.
Como afirmam os autores, "Uma das aplicações às quais aplicamos nossos métodos envolve encontrar árvores filogenéticas com base nas informações do domínio das proteínas ..." (seção 8 do artigo acima).
Um subconjunto dos autores tem artigos semelhantes sobre esse tópico, ver, por exemplo, Faisal N. Abu-Khzam, Michael A. Langston, Pushkar Shanbhag e Christopher T. Symons, Algoritmos Paralelos Escaláveis para Problemas do FPT , Algoritmica, Volume 45, Número 3 269-284.
Não tenho certeza se as instâncias usadas nos experimentos foram instâncias do mundo real ou artificiais, mas espero que as duas referências lhe dêem um bom ponto de partida.