A única razão para não praticar dois dias seguidos é porque o corpo fica fatigado, e um corpo fatigado não terá energia e tempo para se adaptar ao treinamento.
Como o corpo fica cansado?
Quando você executa um tipo de treinamento, digamos, corrida de longa distância, você está sobrecarregando um dos vários sistemas de energia em seu corpo, especificamente, seus músculos. No caso de corridas de longa distância, você está sobrecarregando o sistema aeróbico, que utiliza oxigênio para produzir energia para a contração muscular. Nas horas após a corrida de longa distância, seu corpo passará por mudanças para se preparar para a próxima sessão de corrida de longa distância com maior funcionamento. Neste período de tempo haverá mais mal do que bem se você fizer o mesmo treinamento e taxar o mesmo sistema.
Para responder à sua pergunta, uma maneira de contornar esse problema é tributar diferentes sistemas de energia em dias alternados. Ou seja, sábado você pode fazer corridas de longa distância, enquanto aos domingos você pode fazer um treinamento glicolítico anaeróbico, como treinamento de força ou corrida.
Desta forma, o seu corpo irá adaptar-se mais às exigências que lhe são impostas e reduzirá o risco de se tornar overtraining (de um modo geral. Contudo, este risco é baixo quando se pratica 2 vezes / semana).
Em uma nota adicional, os sistemas de energia diferem no tempo que leva para se recuperar. Isso é exemplificado pelo fenômeno da supercompensação. Supercompensação é o que ocorre após o músculo ter descansado adequadamente, e também adaptado ao aumento da demanda, aumentando temporariamente a condição física. É quando você pratica novamente, no período de supercompensação, que o corpo aumenta sua aptidão e você se torna mais forte / mais endurant. O treinamento aeróbico leva menos tempo para se regenerar (cerca de 8h para corrida de baixa intensidade), enquanto o transporte glicolítico anaeróbico de alta intensidade leva mais tempo e, portanto, requer um período de descanso mais longo (até 72h para velocistas competitivos e levantadores de peso).