Que tal simplesmente não permitir esta situação?
Não sei como você está fazendo o seu jogo, mas se você detectar que a vista ficará parcialmente embaixo d'água, poderá forçar a câmera a ficar acima da água, e somente quando toda a vista estiver abaixo da água, você poderá mudar para o visão subaquática.
Dependendo de como você faz isso, isso pode significar um atraso adicional a partir do momento em que você começa a mergulhar e quando realmente vê a cena por baixo da superfície. Isso pode ser uma coisa boa do ponto de vista da experiência do usuário, portanto, sinta-se à vontade para experimentar.
Em uma nota separada, mas relacionada, pergunto-me por que a maioria das cenas subaquáticas fica cristalina ... Se você colocar a cabeça debaixo d'água, notará que seus olhos não foram projetados para visão subaquática e, portanto, tudo parece embaçado. Você teria que usar óculos para realmente ver claramente debaixo d'água.
Além disso, as coisas parecem (e ouvem) muito diferentes debaixo d'água do que acima da água. A água absorve a luz muito mais rapidamente que o ar; portanto, quanto mais a luz viaja, menos luz chegará aos seus olhos. Isso significa que, quanto mais fundo você vai, mais azuis ficam as coisas (a luz vermelha tem menos energia e, portanto, é absorvida mais facilmente do que a luz azul). De fato, a meros 12 metros debaixo d'água, o sangue parece preto, não vermelho.
Ainda não vi um jogo não especializado que até tenta acertar ambientes subaquáticos ...