Perguntas com a marcação «computational-biology»

Minha formação é em genômica, mas recentemente trabalho com problemas relacionados à estrutura de proteínas. Escrevi alguns programas relevantes em C, construindo meu próprio analisador de arquivos PDB do zero no processo. Não me preocupei em criar um analisador realmente robusto; sabia que construir um seria a melhor maneira de …

17 computational-biology  pdb  c 

Trabalho bastante pesadamente em biologia / epidemiologia matemática, onde a maior parte do trabalho de modelagem / ciência computacional ainda é dominada por conjuntos de EDOs, reconhecidamente, às vezes, conjuntos bastante elaborados deles. Um dos pontos positivos desses modelos é que eles são fáceis de descrever e replicar. Uma tabela …

14 ode  computational-biology 

Eu tenho tentado fazer um modelo espacial 2D biologicamente preciso de camadas de tecido, onde diferentes processos fisiológicos acontecem. Isso inclui principalmente reações químicas, difusão e fluxos além dos limites. Estou criando esse modelo no COMSOL Multiphysics, um pacote de software de elementos finitos que resolve física diferente, como sistemas …

10 finite-element  comsol  computational-biology 

Eu tenho um sistema de equações diferenciais ordinárias - 7 equações e ~ 30 parâmetros que governam seu comportamento como parte de um modelo matemático de transmissão de doenças. Eu gostaria de encontrar os estados estacionários para essas equações Alterar dx/dt = rest of the equationa 0 = equationpara cada …

9 ode  symbolic-computation  computational-biology 

Gostaria de testar a influência dos parâmetros de solvatação nos modelos implícitos de solvatação e saber quais códigos estão disponíveis gratuitamente como programas independentes para dobrar proteínas de pequenas proteínas e que usam abordagens de minimização de energia em vez de dinâmica, por isso não estou procurando códigos de dinâmica …

8 computational-chemistry  computational-biology