Perguntas com a marcação «petsc»

Eu sou novo no pacote PETSc. Eu tenho uma matriz A de 4000 x 4000 no formato de mercado de matriz e quero que o PETSc resolva isso usando vários processadores. Sei como resolver o sistema em um único processador, mas não sei como distribuir a matriz e os vetores …

10 petsc  matrix 

Eu sou muito novo na programação GPGPU, então, desculpe-me se a pergunta não for particularmente apropriada. Pelo que entendi, a programação da GPU é um trabalho muito complicado de engenharia, quando comparado à programação usual da CPU. É preciso ter muito cuidado com questões de divergência, lado a lado, alocação …

10 parallel-computing  petsc  gpu  cuda 

A compilação do PETSc com uma biblioteca externa BLAS / LAPACK afeta significativamente o desempenho em matrizes esparsas ou apenas usa essas bibliotecas para matemática densa de matriz?

10 petsc  sparse-matrix  lapack  blas 

Basicamente, o FEM parece ser um problema praticamente "resolvido". Existem inúmeras estruturas poderosas, como Trilinos, PETSc, FEniCS, Libmesh ou MOOSE. Uma coisa que eles têm em comum: são extremamente "pesados". Primeiro, a instalação normalmente é super dolorosa. Segundo, a interface / API deles é espessa e pesada - você precisa …

9 finite-element  python  c++  petsc  fenics 

Preciso resolver Ax = b, mas percebo que, mesmo que seja escasso, o armazenamento dos coeficientes da matriz do meu problema precisará de muita memória. Então, agora estou pensando em usar um método sem matriz, porque os mesmos coeficientes aparecem muito tempo na matriz, para que eu possa usar meu …

9 linear-solver  petsc  sparse-operator 

Estou mergulhando no mundo fascinante da análise de elementos finitos e gostaria de resolver um grande problema termomecânico (apenas térmico mecânico, sem retorno).→→\rightarrow Para o problema mecânico, eu já entendi da resposta de Geoff , que precisarei usar o solucionador iterativo devido ao tamanho da minha malha. Li ainda na …

9 pde  parallel-computing  petsc  hpc  iterative-method 

Eu tenho um problema generalizado de matriz: de um método espectral em um problema de análise de estabilidade linear. Minha matriz B é diagonal e positiva semi-definida. A é não-eremita e complexo.Ax=λBxAx=λBxA x = \lambda B x Meu problema é essencialmente que, ao usar o solucionador de autovalor generalizado do …

8 linear-algebra  parallel-computing  petsc  eigensystem  preconditioning 

Implementei um Navier Stokes baseado na discretização FEM e PETSc para resolver o sistema linear de equações. Para criar um procedimento de solução eficiente, sigo o artigo "Pré-condicionamento eficiente das equações de Navier-Stokes linearizadas para fluxo incompressível" (Silvester et al.), Que propõe uma abordagem de complemento de Schur. Funciona bastante …

8 finite-element  petsc  linear-solver  preconditioning 

Qual é a maneira mais eficiente de obter uma matriz esparsa complexa do meu código Fortran para o PETSc? Entendo que isso depende do problema, então tentei fornecer o maior número possível de detalhes relevantes abaixo. Eu estou brincando com o solucionador de autovalor FEAST [1] para problemas do tipo …

8 matrix  petsc  performance  fortran  sparse-matrix 

Praticamente a questão. Dada uma matriz geral esparsa e não simétrica (tanto numérica quanto estruturalmente), qual a importância do padrão de esparsidade (isto é, permutação de linha / coluna da matriz / vetor) para os solucionadores iterativos? Percebo que isso se torna importante para solucionadores diretos (LU) ou pré-condicionadores (ILU), …

8 linear-algebra  petsc  iterative-method 

Estou analisando o desempenho dos solucionadores lineares do PETSc. Como eu entendo, speedup = Tempo sequencialTempo Paralelo.acelerar=Tempo SeqüencialTempo Paralelo.\text{speedup}=\frac{\text{Sequential Time}}{\text{Parallel Time}}. Eu sei que a execução do código paralelo em um processador pode ser usada como proxy para o desempenho seqüencial. No entanto, não acho que seja uma boa medida …

8 performance  petsc  parallel-computing 

Como posso calcular o complemento Schur: S= Kb b- Kb aK- 1a aKa bS=Kbb-KbumaKumauma-1Kumab S = K_{bb} - K_{ba} K_{aa}^{-1} K_{ab} Onde K= ( Ka aKb aKa bKb b)K=(KumaumaKumabKbumaKbb) K=\begin{pmatrix} K_{aa} & K_{ab} \\ K_{ba} & K_{bb} \end{pmatrix} (em alguns pedidos) é uma matriz PETSc ( Mat)?

8 pde  linear-algebra  petsc