Como comparar dois conjuntos de dados com o gráfico QQ usando o ggplot2?


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Como estagiário e novato em R, estou tendo um tempo muito difícil tentando gerar qqplots com uma proporção de 1: 1. O ggplot2 parece oferecer muito mais controle sobre plotagem do que os pacotes de plotagem R padrão, mas não consigo ver como fazer um qqplot no ggplot2 para comparar dois conjuntos de dados.

Então, minha pergunta, qual é o equivalente ao ggplot2 de algo como:

qqplot(datset1,dataset2)

Os documentos do ggplot2 podem ser úteis: docs.ggplot2.org/current/stat_qq.html
Charlie

Respostas:


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A coisa mais fácil de fazer é apenas ver como qqplotfunciona. Então, no tipo R:

R> qqplot
function (x, y, plot.it = TRUE, xlab = deparse(substitute(x)), 
    ylab = deparse(substitute(y)), ...) 
{
    sx <- sort(x)
    sy <- sort(y)
    lenx <- length(sx)
    leny <- length(sy)
    if (leny < lenx) 
        sx <- approx(1L:lenx, sx, n = leny)$y
    if (leny > lenx) 
        sy <- approx(1L:leny, sy, n = lenx)$y
    if (plot.it) 
        plot(sx, sy, xlab = xlab, ylab = ylab, ...)
    invisible(list(x = sx, y = sy))
}
<environment: namespace:stats>

Então, para gerar o gráfico, apenas precisamos obter sxe sy, ou seja:

x <- rnorm(10);y <- rnorm(20)

sx <- sort(x); sy <- sort(y)
lenx <- length(sx)
leny <- length(sy)
if (leny < lenx)sx <- approx(1L:lenx, sx, n = leny)$y
if (leny > lenx)sy <- approx(1L:leny, sy, n = lenx)$y

require(ggplot2)
g = ggplot() + geom_point(aes(x=sx, y=sy))
g

qqplot usando ggplot2


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ggplot2tem um stat_qq(), existe alguma maneira de usar isso? Parece ter sido projetado para comparar um vetor a uma distribuição teórica. Não pude ver como usá-lo para comparar dois vetores diferentes.
Ken Williams

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Você pode realmente qqplot()fazer todos os cálculos sort/ length/ approxpara você: d <- as.data.frame(qqplot(x, y, plot.it=FALSE)); ggplot(d) + geom_point(aes(x=x, y=y))
Ken Williams

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Eu uso isso quando eu também quero uma linha normal.

ggplot(data, aes(sample = data$column1)) + stat_qq(color="firebrick2", alpha=1) + geom_abline(intercept = mean(data$column1), slope = sd(data$column1))


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Se sua necessidade original é apenas controlar a proporção, aqui está uma maneira de fazer isso:

x <- rnorm(1000)
y <- rnorm(1500, 2)

myqq <- function(x, y, ...) {
  rg <- range(x, y, na.rm=T)
  qqplot(x, y, xlim=rg, ylim=rg, ...)
}

myqq(x, y)

gráfico myqq

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