Projeto de plotagem dividida e dividida e lme

Estou trabalhando em um conjunto de dados para avaliar o impacto da secagem nas atividades microbianas dos sedimentos. O objetivo é determinar se o impacto da secagem varia entre os tipos de sedimentos e / ou profundidade dentro do sedimento.

O projeto experimental é o seguinte:
O primeiro fator Sedimento corresponde a três tipos de sedimentos (codificados Sed1 , Sed2 , Sed3 ).
Para cada tipo de sedimento, a amostragem foi realizada em três locais (3 locais para Sed1, 3 locais para Sed2, 3 locais para Sed3). O site está codificado: Site1 , Site2 , ..., Site9 .
O próximo fator é a hidrologia : dentro de cada local, a amostragem é realizada em um lote seco e em um lote úmido (codificado Seco / Molhado ).
Dentro de cada parcela anterior, a amostragem é realizada em duas profundidades( D1 , D2 ) em triplicado.

Há um total de n = 108 amostras = 3 sedimentos * 3 locais * 2 hidrologia * 2 profundidades * 3 réplicas.

Eu uso a função lme no R (pacote lnme) da seguinte maneira:

Sediment<-as.factor(rep(c("Sed1","Sed2","Sed3"),each=36))
Site<-as.factor(rep(c("Site1","Site2","Site3","Site4","Site5","Site6","Site7","Site8","Site9"),each=12))
Hydrology<-as.factor(rep(rep(c("Dry","Wet"),each=6),9))
Depth<-as.factor(rep(rep(c("D1","D2"),each=3),18))
Variable<-rnorm(108)

mydata<-data.frame(Sediment,Site,Hydrology,Depth,Variable)

mod1<-lme(Variable~Sediment*Hydrology*Depth, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)

Encontrei um exemplo de um design comparável de parcelas subdivididas e sua análise em: http://www3.imperial.ac.uk/portal/pls/portallive/docs/1/1171923.PDF

Alguém poderia confirmar que esse é o caminho certo para analisar esses dados?
Você acha que a estrutura aleatória está corretamente especificada de acordo com o meu projeto experimental?

Isso chega um pouco tarde, mas acho que sua análise geralmente está correta, com 3 comentários:

1. Certifique-se de que não há problema em tratar a profundidade como aleatória, e não fixa. Eu acho que isso depende da sua definição de profundidade. É apenas 'solo superficial' e 'subsolo' ou alguns níveis de controle como A1, B2, C2, etc.
2. Um colega meu sempre recomenda que as pessoas criem outra variável para que não confunda as pessoas quando os efeitos fixos e aleatórios tiverem o mesmo nome. Algo como lme(Variable~Sediment_ef*Hydrology_ef*Depth_ef, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth), mesmo se X_efe Xsão colunas idênticas.
3. Obviamente, esse é o modelo completo, no qual você pode (ou não) querer reduzi-lo para obter parcimônia.