Perguntas com a marcação «lme4-nlme»

Há muita discussão neste fórum sobre a maneira correta de especificar vários modelos hierárquicos usando lmer. Eu pensei que seria ótimo ter todas as informações em um só lugar. Algumas perguntas para começar: Como especificar vários níveis, em que um grupo está aninhado no outro: é (1|group1:group2)ou é (1+group1|group2)? Qual …

160 r  mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  lme4-nlme 

Aqui está como eu entendi os efeitos aleatórios aninhados x cruzados: Os efeitos aleatórios aninhados ocorrem quando um fator de nível inferior aparece apenas dentro de um nível específico de um fator de nível superior. Por exemplo, alunos dentro das aulas em um ponto fixo no tempo. Em lme4pensei que …

88 r  mixed-model  multilevel-analysis  lme4-nlme 

Se estivermos montando um glmer, podemos receber um aviso informando que o modelo está encontrando dificuldades para convergir ... por exemplo >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol = 0.001) Outra maneira de verificar a convergência discutida neste …

88 r  mixed-model  lme4-nlme 

Ajustar uma regressão logística usando lme4 termina com Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite. Uma causa provável desse erro é aparentemente uma deficiência de classificação. O que é deficiência de classificação e como devo resolvê-la?

87 r  logistic  lme4-nlme 

Eu tenho encaixar alguns modelos de efeitos mistos (particularmente modelos longitudinais) usando lme4em Rmas gostaria de realmente dominar os modelos e o código que se passa com eles. No entanto, antes de mergulhar com os dois pés (e comprar alguns livros), quero ter certeza de que estou aprendendo a biblioteca …

85 r  mixed-model  lme4-nlme 

Eu uso lme4 em R para ajustar o modelo misto lmer(value~status+(1|experiment))) onde o valor é contínuo, status e experimento são fatores, e eu entendo Linear mixed model fit by REML Formula: value ~ status + (1 | experiment) AIC BIC logLik deviance REMLdev 29.1 46.98 -9.548 5.911 19.1 Random effects: …

56 r  hypothesis-testing  mixed-model  p-value  lme4-nlme 

Eu costumava pensar que "modelo de efeitos aleatórios" em econometria corresponde a um "modelo misto com interceptação aleatória" fora da econometria, mas agora não tenho certeza. Faz isso? A econometria usa termos como "efeitos fixos" e "efeitos aleatórios", diferentemente da literatura sobre modelos mistos, e isso causa uma confusão notória. …

56 mixed-model  econometrics  panel-data  lme4-nlme  plm 

Recentemente, medi como o significado de uma nova palavra é adquirido em exposições repetidas (prática: dia 1 ao dia 10) medindo ERPs (EEGs) quando a palavra foi vista em diferentes contextos. Também controlei as propriedades do contexto, por exemplo, sua utilidade para a descoberta de novos significados de palavras (alto …

55 r  mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model 

Gostaria de saber se faz diferença na interpretação se apenas as variáveis ​​dependentes, dependentes e independentes ou apenas as independentes são transformadas em log. Considere o caso de log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Eu posso interpretar o IV como o aumento percentual, mas como isso muda quando eu …

46 regression  data-transformation  interpretation  regression-coefficients  logarithm  r  dataset  stata  hypothesis-testing  contingency-tables  hypothesis-testing  statistical-significance  standard-deviation  unbiased-estimator  t-distribution  r  functional-data-analysis  maximum-likelihood  bootstrap  regression  change-point  regression  sas  hypothesis-testing  bayesian  randomness  predictive-models  nonparametric  terminology  parametric  correlation  effect-size  loess  mean  pdf  quantile-function  bioinformatics  regression  terminology  r-squared  pdf  maximum  multivariate-analysis  references  data-visualization  r  pca  r  mixed-model  lme4-nlme  distributions  probability  bayesian  prior  anova  chi-squared  binomial  generalized-linear-model  anova  repeated-measures  t-test  post-hoc  clustering  variance  probability  hypothesis-testing  references  binomial  profile-likelihood  self-study  excel  data-transformation  skewness  distributions  statistical-significance  econometrics  spatial  r  regression  anova  spss  linear-model 

EDIÇÃO 2: Originalmente, pensei que precisava executar uma ANOVA de dois fatores com medidas repetidas em um fator, mas agora acho que um modelo linear de efeito misto funcionará melhor para meus dados. Acho que quase sei o que precisa acontecer, mas ainda estou confuso com alguns pontos. Os experimentos …

41 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Numericamente derivar a MLE s de GLMM é difícil e, na prática, eu sei, não devemos usar a otimização de força bruta (por exemplo, usando optimem uma maneira simples). Mas, para meu próprio objetivo educacional, quero experimentá-lo para garantir a compreensão correta do modelo (veja o código abaixo). Descobri que …

37 r  maximum-likelihood  optimization  lme4-nlme 

Quero obter um intervalo de previsão em torno de uma previsão de um modelo lmer (). Eu encontrei alguma discussão sobre isso: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq mas eles parecem não levar em consideração a incerteza dos efeitos aleatórios. Aqui está um exemplo específico. Eu estou correndo peixe dourado. Eu tenho dados das …

37 r  mixed-model  prediction  prediction-interval  lme4-nlme 

EffectsO pacote fornece uma maneira muito rápida e conveniente de plotar resultados lineares de modelo de efeito misto obtidos através do lme4pacote . A effectfunção calcula intervalos de confiança (ICs) muito rapidamente, mas quão confiáveis são esses intervalos de confiança? Por exemplo: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- lmer(strength ~ …

36 r  mixed-model  confidence-interval  effects  lme4-nlme 

I recentemente realizado que um modelo-misturado com apenas sujeito como um factor aleatório e os outros factores, como factores fixos é equivalente a uma ANOVA quando definindo a estrutura de correlação do modelo misto de simetria composto. Portanto, eu gostaria de saber o que significa simetria composta no contexto de …

35 correlation  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Eu tenho dados coletados de um experimento organizado da seguinte maneira: Dois locais, cada um com 30 árvores. 15 são tratados, 15 são controle em cada local. De cada árvore, amostramos três pedaços do caule e três pedaços das raízes, de modo que 6 amostras de nível 1 por árvore …

34 r  mixed-model  model  nested-data  lme4-nlme