Modelos hierárquicos para múltiplas comparações - contexto de múltiplos resultados


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Acabei de (re) ler Por que de Gelman (geralmente) não precisamos nos preocupar com múltiplas comparações . Em particular, a seção "Múltiplos resultados e outros desafios" menciona o uso de um modelo hierárquico para situações em que existem várias medidas relacionadas da mesma pessoa / unidade em diferentes momentos / condições. Parece ter um número de propriedades desejáveis.

Entendo que isso não é necessariamente uma coisa bayesiana. Alguém poderia me mostrar como construir adequadamente um modelo multinível multivariado usando rjags e / ou lmer (JAGS e BUGS regulares também devem estar bem, bem como outras bibliotecas de modelos mistos, por exemplo, MCMCglmm), para que eu possa brincar com ele para comparar e resultados de contraste? O tipo de situação para a qual eu gostaria de um modelo é refletido nos dados de brinquedos abaixo (medidas repetidas e multivariadas):

set.seed(69)
id     <- factor(rep(1:20, 2))                # subject identifier
dv1    <- c(rnorm(20), rnorm(20,  0.8, 0.3))  # dependent variable 1 data for 2 conditions
dv2    <- c(rnorm(20), rnorm(20,  0.3, 0.6))
dv3    <- c(rnorm(20), rnorm(20, -0.3, 0.8))
dv4    <- c(rnorm(20), rnorm(20,  0.2, 1  ))
dv5    <- c(rnorm(20), rnorm(20,  0.5, 4  ))
rmFac  <- factor(rep(c(1, 2), each=20))       # repeated measures factor
dvFac  <- factor(rep(1:5, each=40))           # dependent variable indicator

dfwide <- data.frame(id, dv1, dv2, dv3, dv4, dv5, rmFac)
dflong <- data.frame(id, dv = c(dv1, dv2, dv3, dv4, dv5), rmFac, dvFac) # just in case it's easier?

Para mim, não está claro o que sua pergunta é ... Eu estou sentindo falta de que ponto de interrogação :)
Rasmus Baath

@ RasmusBååth Eu concordo, eu editei para espero tornar mais claro o que eu gostaria. Obrigado.
Matt Albrecht

Respostas:


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Eu acho que tenho uma solução parcial razoável para o modelo bayesiano hierárquico. rjagsCódigo abaixo ....

dflong$dv <- scale(dflong$dv)[,1]
dataList = list(  
    y = dflong$dv, 
    rmFac  = dflong$rmFac ,
    dvFac  = dflong$dvFac ,
    id     = dflong$id ,
    Ntotal = length(dflong$dv) ,
    NrmLvl = length(unique(dflong$rmFac)),
    Ndep   = length(unique(dflong$dvFac)),
    NsLvl  = length(unique(dflong$id))
)

modelstring = "
model {
for( i in 1:Ntotal ) {
    y[i] ~ dnorm( mu[i] , tau[rmFac[i], dvFac[i]])
    mu[i] <- a0[ dvFac[i] ] + aS[id[i], dvFac[i]] + a1[rmFac[i] , dvFac[i]]
}
for (k in 1:Ndep){
    for ( j in 1:NrmLvl ) { 
        tau[j, k] <- 1 / pow( sigma[j, k] , 2 )
        sigma[j, k] ~  dgamma(1.01005,0.1005)
    }
}
for (k in 1:Ndep) {
    a0[k] ~ dnorm(0, 0.001)
    for (s in 1:NsLvl){
        aS[s, k] ~ dnorm(0.0, sTau[k])
    }
    for (j in 1:NrmLvl) {
        a1[j, k] ~ dnorm(0, a1Tau[k])
    }
    a1Tau[k] <- 1/ pow( a1SD[k] , 2)
    a1SD[k]  ~ dgamma(1.01005,0.1005)

    sTau[k] <- 1/ pow( sSD[k] , 2)
    sSD[k]  ~ dgamma(1.01005,0.1005)
}
}
" # close quote for modelstring
writeLines(modelstring,con="model.txt")

Novamente, o script Bayesiano de medidas repetidas de Kruschke


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Finalmente encontrei uma solução de literatura para o meu problema modelos bayesianos para múltiplos resultados aninhados em domínios por Thurston et al. 2009. Eles propõem um modelo hierárquico para domínios únicos ou múltiplos que reflete a natureza dependente do domínio das variáveis. Ele incorpora efeitos aleatórios para indivíduos e indivíduos entre domínios (se houver vários domínios). Também pode ser facilmente estendido para incluir medidas repetidas ou desenhos longitudinais.
Nota: vou postar um modelo JAGS aqui para concluir a resposta em breve

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