Há menos diferença do que você imagina. Heck, com a adição de um pouco de cloreto de cálcio (para ajudar a unir as partículas de leite), você pode até fazer queijo com leite desnatado. Folheei a seção de Harold McGee com leite desnatado, e ele não dá nenhum aviso sobre usá-lo na culinária.
Obviamente, lembre-se de que seu resultado não terá a mesma textura. Duvido que você note, a menos que o leite seja o ingrediente principal do molho (e não haja outro agente espessante) ou líquido primário na massa. Se eu fosse forçado a encontrar uma maneira de me adaptar ao uso com baixo teor de gordura, provavelmente adicionaria um pouco mais de leite se estivesse buscando sabor ou um pouco menos se estivesse buscando textura.