A granulação causada pelo excesso de açúcar não dissolvido é bastante óbvia. Os grãos serão doces e se dissolverão na língua.
Como alternativa, com algumas frutas, incluindo mirtilos, a casca da fruta pode ser seca ou dura e permanecer em fragmentos granulados na geléia. Novamente, isso é óbvio. Os fragmentos individuais serão escuros e planos, etc.
Outro, na minha opinião, mais sutil e mais provável é que a granulação foi causada pelo excesso de gelatina de pectina.
Quando as pectinas se congelam demais, elas se esticam e formam grânulos pequenos e rígidos. Estes são leves e emborrachados. Muito diferente do açúcar ou das partículas de frutas.
Normal, termicamente reversível, a pectina geralmente não sobre o gel. Caso isso aconteça, reaquecer e possivelmente adicionar um pouco de líquido resolverá o problema.
As pectinas LM, por outro lado, podem exagerar no gel com bastante facilidade e, como não são reversíveis termicamente, é impossível corrigir o congestionamento quando isso ocorre. Veja este artigo sobre pectina, em particular a 5ª página sobre pectinas LM.
Mirtilos são muito ricos em pectina natural. Às vezes, o purê de mirtilo é configurado como geléia sem adição de açúcar ou pectina. Essa abundância de pectina pode ter causado o excesso de gel de pectina e formar a granulação que você viu - especialmente se você estivesse usando pectina com pouco açúcar na receita de geléia.