Concordo com a resposta geral do moscafj: não existe uma "regra" pan-italiana na culinária italiana. É comum misturar os dois em muitas regiões italianas, e certamente é comum em outras cozinhas do mundo.
Por outro lado, eu não descartaria essa história de imediato ou como uma peculiaridade de um colega de quarto louco.
Eu cresci perto de um velho vizinho italiano, filha de imigrantes italianos. Sua sogra também morava com ela, uma imigrante italiana direta nascida por volta de 1900 (imigrou pouco antes de meados do século). Era uma regra absoluta na casa deles que cebola e alho nunca deveriam ser combinados no mesmo prato. E sim, eles associaram isso ao "país antigo".
Infelizmente, não sei de que região eles eram e ambos morreram há muito tempo. E eu não contaria essa história aqui, exceto que fiz algumas pesquisas rápidas na Internet e descobri que algumas pessoas perguntaram coisas semelhantes em vários fóruns da Internet sobre culinária italiana. E Mark Bittman e Gino D'Acampo aparentemente transmitiram histórias de que cozinheiros italianos disseram a mesma coisa. (Não localizei links para as fontes originais, mas não tenho motivos para duvidar que essas postagens no fórum estejam simplesmente inventando essas coisas.)
Eu comi comida na Itália que continha claramente ambos. Conheço italianos que gostam de cozinhar e nunca os ouvi falar sobre isso. Por outro lado, já ouvi essa "regra" específica algumas vezes e parece associada apenas à culinária italiana. Não estou realmente interessado em tentar encontrar mais informações sobre isso, mas parece-me que isso é pelo menos parte da "tradição" de cozinhar para alguns italianos, talvez de uma região específica ou algo assim.
EDIT: Apenas para uma fonte italiana que parece referenciar o problema, veja aqui . Após uma discussão de usos separados para cebola e alho, surge a questão de usá-los juntos:
O dubbio, um ponto a ponto, é: é possível usar aglio e cipolla insieme? O questionário divide sempre os pedidos de culinária.
Basicamente, essa passagem implica fortemente que existem cozinheiros apaixonados por aí que discutem se é possível combinar os dois. (O link continua argumentando que é possível, mas, no entanto, faz referência a essa pergunta como se fosse uma disputa comum.) O parágrafo inicial também implica que existem regras fixas tradicionais que ditam as ocasiões específicas em que elas podem ser combinadas adequadamente.