Eu ia responder primeiro à pergunta errada: "que exemplo de problemas é muito mais difícil nos hipergráficos do que nos gráficos". Fiquei particularmente impressionado com a diferença ao lidar com o problema de correspondência máxima nos gráficos e o mesmo com os hipergráficos (um conjunto de arestas separadas por pares), que podem modelar com facilidade a coloração, o conjunto independente máximo, o clique máximo ...
Então notei que não era sua pergunta: "quais são as principais dificuldades entre os dois?".
Bem, nesse caso, eu responderia que até agora não vi muitos pontos em comum entre gráficos e hipergrafos. Exceto o próprio nome. E o fato de muitas pessoas estarem tentando "estender" os resultados do primeiro ao outro.
Tive a ocasião de virar as páginas dos "Hypergraphs" de Berge e "Set systems" de Bollobas: eles contêm muitos resultados saborosos, e os que eu achei os mais interessantes tinham pouco a dizer sobre gráficos. Por exemplo, o teorema de Baranyai (há uma boa prova no livro de Jukna).
Eu não os conheço muito, mas estou pensando em um problema de hipergráfico no momento e tudo o que posso dizer é que não sinto nenhum gráfico à espreita em nenhum lugar. Talvez pensemos neles como "difíceis" porque estamos apenas tentando estudá-los com as ferramentas erradas. Não espero que os problemas dos gráficos em que estou trabalhando desapareçam imediatamente usando a teoria dos números (mesmo que às vezes aconteça).
Ah, e mais alguma coisa. Eles são talvez mais difíceis de estudar porque são combinatoriamente muito .... mais ?!
"experimentar todos eles e ver quando funciona" às vezes é uma boa idéia para gráficos, mas com os hipergráficos um rapidamente humilhado pelos números. :-)