O metabolismo energético não é um sistema muito bem entendido, no sentido de que, embora as reações bioquímicas sejam bem conhecidas, sua dinâmica é altamente variável, dependendo do indivíduo. Acho perturbador que tantas pessoas tenham seu próprio entendimento de como seu corpo funciona, sem nenhum argumento sólido por trás dele. Abaixo, tentarei fornecer algumas informações básicas para a química do mesmo.
A bioquímica por trás disso é essencialmente muito complicada e muitas vezes é simplificada demais. A verdade é que diferentes partes do corpo usam fontes diferentes de energia. Um exemplo comum é o cérebro, que só pode usar glicose como fonte de energia.
Para argumentar contra o post de @ camara90100, o ATP NÃO é uma fonte de energia, mas uma transportadora de energia. A molécula de ATP possui três grupos fosfato, como o próprio nome sugere. Ao romper essas ligações (ou seja, ATP -> ADP + P), a energia é liberada e usada em alguma outra reação do corpo. Quando o corpo "queima" açúcares, ou qualquer outra coisa, ele usa a energia para sintetizar mais moléculas de ATP ou para reverter a reação original.
Se o ácido lático é ou não produzido a partir da quebra de açúcares depende do suprimento de oxigênio para o tecido circundante, se você não puder fornecer oxigênio suficiente ao tecido, ocorrerá uma reação abaixo do ideal em que um dos subprodutos é o ácido lático. O acúmulo de ácido láctico no tecido acabará levando a "cãibras", pois seu corpo está lhe dizendo para parar o que está fazendo, já que seu metabolismo não consegue acompanhar a atividade física pela qual você se exercita.
Além disso, existe uma interação entre açúcares simples e açúcares complexos (carboidratos), bem como entre carboidratos e gordura. O excesso de açúcar no sangue é processado no fígado para produzir glicogênio, que é um armazenamento a longo prazo de açúcares. No entanto, o glicogênio não é a única maneira de armazenar combustível; evolutivamente, somos desenvolvidos para "armazenar energia" caso os alimentos se tornem escassos. Nesse sentido, é importante entender que a gordura não é uma molécula de lixo indesejada, mas uma parte perfeitamente saudável do metabolismo. Lembro-me de ler um artigo sobre um limite crítico do índice de gordura corporal e da função cerebral normal, em que os autores discutiram indivíduos com percentual extremamente baixo de gordura corporal realizando menos do que a média em tarefas intelectuais.
Para encurtar a história, não acredito que você possa "garantir" que você está queimando apenas gordura e nenhuma proteína durante algum treinamento, especialmente considerando que todas essas reações que descrevi (e muitas mais) têm taxas diferentes em indivíduos diferentes . Indivíduos com taxas metabólicas mais altas acabarão quebrando o tecido muscular por meio de treinamento físico, em vez de construir massa muscular se não conseguirem acompanhar a ingestão de alimentos. Por isso, sugiro que você examine sua dieta para não consumir quantidades excessivas de gordura ou carboidratos e planeje seu treinamento para que ele corresponda à sua própria taxa metabólica.
PS: Desculpe pelo longo post, mas espero que ajude as pessoas a entender melhor as coisas.