Ciência computacional

Eu queria saber se existe um método rápido e eficiente para encontrar antecipadamente o número de não-zeros para operações de multiplicação de matrizes esparsas, assumindo que ambas as matrizes estejam no formato CSC ou CSR. Eu sei que existe um no pacote smmp, mas preciso de algo que já esteja …

17 matrix  sparse-matrix 

Uma redução paralela assume que a operação correspondente é associativa. Essa suposição é violada pela adição de números de ponto flutuante. Você pode perguntar por que eu me importo com isso. Bem, isso torna os resultados menos reproduzíveis. E fica pior quando o recozimento simulado é usado para otimizar (ou …

17 parallel-computing  reproducibility 

Outro dia, meu instrutor de dinâmica de fluidos computacional estava ausente e ele enviou seu candidato a PhD para substituí-lo. Na palestra que ele deu, ele parecia indicar várias desvantagens associadas a vários esquemas de discretização para simulações de fluxo de fluido: Método das Diferenças Finitas: É difícil satisfazer a …

17 fluid-dynamics 

Eu tenho uma função 2D não-convexa limitada que eu gostaria de encontrar o mínimo de. A função é bastante suave. Avaliando é caro. Um erro aceitável é de cerca de 3% do domínio da função em cada eixo. Tentei executar a implementação do algoritmo DIRECT na biblioteca NLOPT, mas não …

17 optimization 

Quando cálculos limitados de largura de banda de memória são executados em ambientes de memória compartilhada (por exemplo, encadeados via OpenMP, Pthreads ou TBB), há um dilema de como garantir que a memória seja distribuída corretamente na memória física , de modo que cada encadeamento acesse a memória em um …

17 performance  memory-management  multicore 

A linguagem C ++ fornece programação genérica e metaprogramação por meio de modelos. Essas técnicas chegaram a muitos pacotes de computação científica em larga escala (por exemplo, MPQC , LAMMPS , CGAL , Trilinos ). Mas o que eles realmente contribuíram para a computação científica em valor que vai além …

17 performance  c++  programming-paradigms 

Na literatura de métodos numéricos, muitos trabalhos de pesquisa consistem em uma descrição de uma nova variação algorítmica, seguida de alguns problemas de teste comparando o novo método com um ou dois métodos existentes. Isso dificulta a determinação Como o novo método funcionaria em outros problemas de interesse Como o …

17 pde  testing 

Eu sempre calculo as coisas manualmente, mas agora meus companheiros estão ficando desagradáveis ​​e fazendo muitos exercícios repetitivos envolvendo apenas conectar coisas como a expressão acima. Estou particularmente interessado em software de código aberto, como Python ou R, para simplificar esses tipos de equações. Eu tentei usar Wolfram Alpha , …

17 education  symbolic-computation 

Considere um IVP para o sistema ODE , . Geralmente esse problema é considerado rígido quando a matriz de Jacobi \ frac {\ parcial f} {\ parcial y} (x_0, y_0) tem ambos os valores próprios com parte real negativa muito grande e valores próprios com parte real negativa muito pequena …

17 ode  stiffness 

Estou planejando usar multigrid para calcular alguns autovalores e vetores, e notei que o PETSc tem suporte de alto nível para multigrid. A documentação do PETSc diz que essa parte do PETSc não deve ser usada, pois será substituída em breve. Quais outras bibliotecas têm suporte de alto nível para …

17 petsc  libraries  multigrid 

O desenvolvimento de algoritmos científicos é um processo altamente iterativo, geralmente envolvendo a alteração de muitos parâmetros que desejarei variar como parte do meu projeto experimental ou como parte do aprimoramento do desempenho do algoritmo. Quais estratégias posso adotar para estruturar esses parâmetros para que eu possa alterá-los facilmente entre …

17 algorithms  testing  programming-paradigms 

De volta ao início do OS X, parecia haver muita confusão, pelo menos no mundo Mac (eu não estava nem perto da computação científica na época) sobre o Mac OS como uma plataforma para computação científica e aplicativos HPC. O XGrid saiu da caixa, a Virginia Tech tinha seu sofisticado …

17 software  hpc 

Minha tese é sobre o desenvolvimento de métodos numéricos para redução de modelos na combustão. Eu executo meus métodos puramente na parte química das simulações de combustão e tenho muitos estudos de caso para simulações 0-D (sem fluxo). O que eu gostaria é executar simulações que tenham fluxo nelas, preferencialmente …

17 pde  fluid-dynamics  software  parallel-computing 

Nosso grupo de trabalho produz um aplicativo de desktop que simula o desempenho energético da construção. É um aplicativo .NET e, quando o usuário está executando muitas simulações, pode consumir bastante tempo. As simulações são totalmente paralelizáveis, e temos alguns recursos de computação HPC muito significativos no "escritório". Uma idéia …

17 hpc  partitioning 

Você finalmente conseguiu descobrir como os átomos estão organizados espacialmente em sua entidade molecular recém-descoberta. Por meio, digamos, de meios espectroscópicos, você agora possui várias coordenadas de átomos, tipos de átomos, comprimentos de ligações, tipos de ligações e outros enfeites para sua molécula. Agora você está interessado em determinar o …

17 computational-chemistry