Ciência computacional

Minha formação é em genômica, mas recentemente trabalho com problemas relacionados à estrutura de proteínas. Escrevi alguns programas relevantes em C, construindo meu próprio analisador de arquivos PDB do zero no processo. Não me preocupei em criar um analisador realmente robusto; sabia que construir um seria a melhor maneira de …

17 computational-biology  pdb  c 

Eu sei que o método de Nitsche é um método muito atraente, pois permite levar em consideração as condições de contorno do tipo Dirichlet ou o contato com as condições de contorno de atrito de maneira fraca, sem o uso de multiplicadores de Lagrange. E sua vantagem, que é transformar …

17 finite-element  boundary-conditions  elliptic-pde  nitsche-method 

Para fins de ensino, eu precisaria de uma função contínua de uma única variável "difícil" de aproximar com polinômios, ou seja, seria necessário um poder muito alto em uma série de potências para "encaixar" bem essa função. Pretendo mostrar aos meus alunos os "limites" do que pode ser alcançado com …

16 interpolation 

Estou ciente de que inverter uma matriz para resolver um sistema linear não é uma boa ideia, pois não é tão preciso e eficiente como solucionar diretamente o sistema ou usar a decomposição LU, Cholesky ou QR. No entanto, não pude verificar isso com um exemplo prático. Eu tentei este …

16 matrix  accuracy  inverse 

Recentemente, comparei diferentes solucionadores não lineares do scipy e fiquei particularmente impressionado com o exemplo de Newton-Krylov no Scipy Cookbook, no qual eles resolvem uma equação de equação diferencial de segunda ordem com o termo de reação não linear em cerca de 20 linhas de código. Modifiquei o código de …

16 python  nonlinear-equations  poisson  scipy 

Aprendi sobre o método dos elementos finitos (também um pouco sobre outros métodos numéricos), mas não sei exatamente qual é a definição desses dois erros e as diferenças entre eles?

16 finite-element  numerical-analysis  error-estimation 

Como esta pergunta está relacionada à computação, decidi postar aqui. Espero que seja visto como apropriado. Acabei de começar a executar modelos atmosféricos e oceânicos e percebo que preciso de mais núcleos, memória e espaço em disco do que minha área de trabalho atual. Minha instituição possui um serviço de …

16 hpc 

Sou um grande defensor do desenvolvimento orientado a testes em computação científica. Sua utilidade na prática é simplesmente impressionante e realmente alivia os problemas clássicos que os desenvolvedores de código conhecem. No entanto, existem dificuldades inerentes ao teste de códigos científicos que não são encontrados na programação geral; portanto, os …

16 testing 

Gostaria de saber se existe uma maneira rápida de calcular a distância euclidiana de dois vetores na oitava. Parece que não há função especial para isso, então devo usar apenas a fórmula com sqrt?

16 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Pode-se obter uma grande quantidade de insights sobre a experiência, apenas queria saber se alguém já viu algo semelhante a isso antes. O gráfico mostra a condição inicial (verde) para a equação de advecção-difusão, depois a solução na iteração 200 (azul) e depois novamente na iteração 400 (vermelha). A solução …

16 numerical-analysis  advection-diffusion 

Eu gostaria de ser independente do software comercial para o meu trabalho científico. Acho que uma dependência de pacotes comerciais como o Matlab e suas caixas de ferramentas é insatisfatória, porque não sei se terei acesso ao Matlab no futuro e porque não gosto do idioma. Portanto, estou procurando alternativas. …

16 python  machine-learning 

Na programação de cálculos de matriz densa, existe alguma razão para escolher um layout de linha principal do layout acima da coluna? Eu sei que, dependendo do layout da matriz escolhida, precisamos escrever o código apropriado para usar as memórias de cache efetivamente para fins de velocidade. O layout principal …

16 matrix  fortran 

Provavelmente é uma questão de nível de estudante, mas não posso fazer isso exatamente para mim. Por que é mais preciso usar grades não uniformes nos métodos numéricos? Estou pensando no contexto de algum método de diferenças finitas para o PDE da forma . E suponha que eu esteja interessado …

16 pde  finite-difference 

O que mais detesto no MPI é lidar com tipos de dados (isto é, mapas de dados / máscaras) porque eles não se encaixam muito bem com o C ++ orientado a objetos. boost::mpino entanto, apenas suporta o MPI 1.1 no site: O boost :: mpi é uma interface amigável …

16 hpc  c++  mpi 

Eu li sobre ciência da computação na Wikipedia, mas meu entendimento não é muito claro. A ciência computacional envolve programação? Quão diferente é a ciência computacional da computacional _ ____ , onde o espaço em branco pode ser qualquer disciplina (ciência dos materiais, engenharia, química, biologia e assim por diante)? …

16 computational-chemistry  education