Perguntas com a marcação «molecular-dynamics»

Eu executei o código de dinâmica molecular (MD) GROMACS em um cluster Ubuntu Linux que consiste em nós contendo 24 CPUs Intel Xeon. Meu ponto de interesse específico acaba sendo um pouco sensível à precisão aritmética de ponto flutuante, por isso tive que executar o GROMACS em precisão dupla ao …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

Gostaria de saber se existe uma maneira rápida de calcular a distância euclidiana de dois vetores na oitava. Parece que não há função especial para isso, então devo usar apenas a fórmula com sqrt?

16 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Estou executando simulações de dinâmica molecular (MD) usando vários pacotes de software, como Gromacs e DL_POLY. O Gromacs agora suporta os algoritmos de decomposição de partículas e de domínio. Por padrão, as simulações do Gromacs usam a decomposição de domínio, embora por muitos anos, até recentemente, a decomposição de partículas …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

Eu sou novo em simulações de dinâmica molecular (MD). Qual é a complexidade de uma simulação de dinâmica molecular em termos de tempo de simulação? Em outras palavras, se eu quiser aumentar o tempo simulado de 10 nanossegundos para 20 nanossegundos, o que posso esperar em termos de aumento no …

14 molecular-dynamics  complexity 

Em um sistema em que a energia teoricamente deveria ser conservada, a simulação mais precisa economizaria energia (além de fornecer posições, velocidades e etc) precisos. O RK4 é mais preciso do que o salto, mas o salto economiza energia e o RK4 não. Por que é isso?

13 computational-physics  time-integration  molecular-dynamics  runge-kutta 

Estou executando simulações de dinâmica molecular da água para fins de teste. A caixa é bem pequena, se você perguntar a um especialista em MD clássico e relativamente grande, se perguntar a um especialista em DFT: tenho 58 moléculas de água em condições de contorno periódicas. Para economizar tempo de …

9 molecular-dynamics  density-functional-theory 

Estou tentando otimizar alguns parâmetros do campo de força em uma estrutura molecular para que o resultado da simulação chegue o mais próximo possível da estrutura experimental. No passado, escrevi um algoritmo genético no qual, essencialmente, amostro aleatoriamente o espaço dos parâmetros, seleciono a combinação que funciona melhor, cria conjuntos …

8 optimization  molecular-dynamics  conjugate-gradient 

Estou tentando fazer MD com vapor de água. Como eu sei, existem alguns modelos de água para água líquida, como SPC, SPC / E, TIP3P, mas eles também se aplicam ao estado de vapor da água? E qual é a diferença de simulações de água líquida e de vapor?

8 molecular-dynamics