Resultados conflitantes da soma dos quadrados do Tipo III na ANOVA no SAS e R


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Estou analisando dados de um experimento fatorial desequilibrado com SASe R. Ambos SASe Rfornecer semelhantes Tipo I soma dos quadrados, mas a sua soma Tipo III de quadrados são diferentes uns dos outros. Abaixo estão SASe Rcódigos e saídas.

DATA ASD;
INPUT Y T B;
DATALINES;
 20 1 1
 25 1 2
 26 1 2
 22 1 3
 25 1 3
 25 1 3
 26 2 1
 27 2 1
 22 2 2
 31 2 3
;

PROC GLM DATA=ASD;
CLASS T B;
MODEL Y=T|B;
RUN;

SS tipo I do SAS

Source  DF       Type I SS     Mean Square    F Value    Pr > F
T       1     17.06666667     17.06666667       9.75    0.0354
B       2     12.98000000      6.49000000       3.71    0.1227
T*B     2     47.85333333     23.92666667      13.67    0.0163

SS tipo III do SAS

Source  DF     Type III SS     Mean Square    F Value    Pr > F
T       1     23.07692308     23.07692308      13.19    0.0221
B       2     31.05333333     15.52666667       8.87    0.0338
T*B     2     47.85333333     23.92666667      13.67    0.0163

Código R

Y <- c(20, 25, 26, 22, 25, 25, 26, 27, 22, 31)
T <- factor(x=rep(c(1, 2), times=c(6, 4)))
B <- factor(x=rep(c(1, 2, 3, 1, 2, 3), times=c(1, 2, 3, 2, 1, 1)))
Data <- data.frame(Y, T, B)
Data.lm <- lm(Y~T*B, data = Data)
anova(Data.lm)
drop1(Data.lm,~.,test="F") 

SS tipo I de R

Analysis of Variance Table

Response: Y
          Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)  
T          1 17.067  17.067  9.7524 0.03543 *
B          2 12.980   6.490  3.7086 0.12275  
T:B        2 47.853  23.927 13.6724 0.01629 *
Residuals  4  7.000   1.750                  
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1   1 

SS tipo III de R

Single term deletions

Model:
Y ~ T * B
       Df Sum of Sq    RSS     AIC F value  Pr(>F)  
<none>               7.000  8.4333                  
T       1    28.167 35.167 22.5751 16.0952 0.01597 *
B       2    20.333 27.333 18.0552  5.8095 0.06559 .
T:B     2    47.853 54.853 25.0208 13.6724 0.01629 *
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1   1 

Estou faltando alguma coisa aqui? Se não, qual é o correto tipo III SS?


Respostas:


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SS tipo III dependem da parametrização utilizada. Se eu definir

  options(contrasts=c("contr.sum","contr.poly"))

antes de executar lm()e, em seguida drop1(), recebo exatamente o mesmo SS do tipo III que o SAS. Para o dogma da comunidade R sobre esse assunto, você deve ler as Exegeses de Venables sobre modelos lineares .

Veja também: Como fazer uma ANOVA SS de Tipo III em R com códigos de contraste?


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@ Peter Se você acha que pode caber em um comentário, por que não. Eu acho que não, então por que não fazer uma nova pergunta (e link para esta)?
20442 chl

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@chl Meu básica ponto é que os efeitos principais que têm significado na presença de interações - eles são o efeito quando a outra variável é 0. Muitas vezes isso é significativo. Não tenho certeza se vale a pena uma discussão inteira.
Peter Flom - Restabelece Monica

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Concordo que há situações em que os principais efeitos podem ser interpretados - Venables segue uma linha muito forte -, mas há muitas situações em que são difíceis. Eu acho que "não faça isso se você não sabe o que está fazendo" é uma configuração padrão razoável ...
Ben Bolker

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O seguinte redefinirá os contrastes para o padrão R? options(contrasts=c("contr.treatment", "contr.poly"))
Rasmus Larsen

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Sim ...........
Ben Bolker
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