Eu acho que depende de qual é a substituição.
Certamente, se a manteiga é apenas para dar sabor, é um substituto razoável (acho que eu usaria um pouco mais de iogurte). Mas 9 em cada 10 vezes, a gordura é a principal razão pela qual a receita está pedindo manteiga! O iogurte não pode substituir uma gordura (manteiga) porque tem muito pouca gordura.
Se você diminuir o teor de gordura de um produto cozido, geralmente acabará com um produto muito mais denso e com menos lascas. Portanto, se você acha que deve fazer isso por algum motivo, aumentaria o açúcar na receita para compensar (o açúcar inibe a formação de glúten e ajudará a tornar o resultado menos mastigável).
Outra coisa que você deve ter em mente é que o iogurte é naturalmente azedo e se torna ainda mais azedo quando cozido em alta temperatura. Quanto mais tempo assar, mais azedo se tornará; portanto, você precisará aumentar significativamente o açúcar para manter o sabor adequado.
Portanto, na maioria das vezes, não, o iogurte não substitui a manteiga ou qualquer outra gordura. Obviamente, isso é parcialmente uma questão de gosto pessoal e, se você estiver satisfeito com o resultado, continue fazendo o que está fazendo - mas acho que definitivamente hesitaria em comer um bolo cozido com iogurte em vez de manteiga.