Ciência computacional

Eu quero desenvolver um software de computação científica paralelo do zero. Eu quero alguns pensamentos sobre qual idioma começar. O programa envolve ler / gravar dados em arquivos txt e realizar cálculos pesados ​​em paralelo, com muitas fatorações de LU e o uso de solucionadores lineares esparsos. As soluções candidatas …

18 python  hpc  c++  fortran  simulation 

Estou desenvolvendo um código para simular o fluxo de fluidos com substâncias biológicas presentes no fluxo. Isso envolve as equações padrão de Navier-Stokes acopladas a alguns modelos biológicos adicionais. Existem muitos parâmetros / constantes. Eu escrevi funções para lidar com os principais cálculos, mas um problema que estou tendo é …

17 c++ 

Dadas duas implementações BLAS diferentes, podemos esperar que elas façam exatamente os mesmos cálculos de ponto flutuante e retornem os mesmos resultados? Ou pode acontecer, por exemplo, que alguém calcule um produto escalar como e um como ( x 1 y 1 + x 2 y 2 ) + ( …

17 floating-point  blas 

Sou um estudante de Engenharia Mecânica interessado no campo da engenharia aeroespacial, onde me disseram que o Fortran ainda é comumente usado. Qual versão do Fortran devo investir meu tempo para aprender?

17 fortran 

Eu estava curioso para saber por que os métodos Runge-Kutta de alta ordem (ou seja, maiores que 4) quase nunca são discutidos / empregados (pelo menos que eu saiba). Entendo que isso requer maior tempo computacional por etapa (por exemplo, RK14 com etapa incorporada de 12ª ordem ), mas existem …

17 ode  runge-kutta 

Existem duas abordagens gerais para representar soluções no método descontínuo de galerkin: nodal e modal. Modal : As soluções são representadas por somas de coeficientes modais multiplicados por um conjunto de polinômios, por exemplo, onde geralmente é polinômio ortogonal , por exemplo, Legendre. Uma vantagem disso é que os polinômios …

17 fluid-dynamics  discontinuous-galerkin 

Estou escrevendo uma pequena biblioteca para cálculos matriciais esparsos como uma maneira de me ensinar a fazer o melhor uso da programação orientada a objetos. Eu trabalhei muito duro para ter um bom modelo de objeto, onde as partes (matrizes esparsas e os gráficos que descrevem sua estrutura de conectividade) …

17 linear-algebra  sparse-matrix  oop 

Eu preciso escrever alguns dados de uma computação, que serão lidos posteriormente pelo Paraview (arquivo .vtu ou vtk). No que diz respeito ao tamanho do arquivo, devo escolher o formato ASCII ou o formato binário?

17 visualization  paraview  vtk 

Estou à procura de um software de geração de malha que é gratuito e de código aberto, fornece uma interface de script sã para especificação de domínio, trabalha para geometrias complexas, pode gerar malhas 2D e 3D, Que opções eu tenho?

17 mesh-generation 

Qual é o melhor: FORTRAN ou Python? E acho que nos dois casos você precisa do Gnuplot, estou certo? Estou trabalhando em uma máquina Windows no momento. Gostaria de usá-lo para obter soluções numéricas para problemas físicos, incluindo simulações de Monte-Carlo, integração e diferenciação numéricas, dinâmica molecular, etc. Eu vi …

17 python  fortran 

Eu executei o código de dinâmica molecular (MD) GROMACS em um cluster Ubuntu Linux que consiste em nós contendo 24 CPUs Intel Xeon. Meu ponto de interesse específico acaba sendo um pouco sensível à precisão aritmética de ponto flutuante, por isso tive que executar o GROMACS em precisão dupla ao …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

Estou interessado nos casos em que o gradiente conjugado funciona muito melhor que o método GMRES. Em geral, o CG é a escolha preferível em muitos casos de SPD (simétrico-positivo-definido) porque requer menos armazenamento e o limite teórico da taxa de convergência para o CG é o dobro do GMRES. …

17 linear-solver  conjugate-gradient  gmres 

Muito do meu trabalho gira em torno de melhorar a escala dos algoritmos, e uma das maneiras preferidas de mostrar escala paralela e / ou eficiência paralela é traçar o desempenho de um algoritmo / código sobre o número de núcleos, por exemplo, onde o eixo representa o número de …

17 parallel-computing  hpc  scaling  plotting 

Acabei de instalar uma placa de vídeo Nvidia GT660 na minha área de trabalho e, depois de algum esforço, consigo fazer a interface com R. Eu tenho jogado com vários pacotes R que usam GPUs, especialmente gputools, e estava comparando o tempo gasto pela minha GPU e CPU para executar …

17 r  gpu 

Suponha que eu tenho alguma função e quero encontrar tal que . Eu poderia usar o método Newton-Raphson. Mas isso requer que eu conheça a função derivada . Uma expressão analítica para pode estar indisponível. Por exemplo, pode ser definido por um código complicado de computador que consulta um banco …

17 reference-request  approximation