Ciência computacional

Antecedentes: Eu acho que posso querer portar algum código que calcule produtos vetoriais exponenciais da matriz usando um método de subespaço Krylov do MATLAB ao Python. (Especificamente, a função expmvp de Jitse Niesen , que usa um algoritmo descrito neste documento .) No entanto, eu sei que, a menos que …

29 performance  python 

O problema Atualmente, estou trabalhando em uma simulação de Elementos Finitos de Navier Stokes e gostaria de investigar os efeitos de vários parâmetros. Alguns parâmetros são especificados em um arquivo de entrada ou através de opções de linha de comando; outros parâmetros são fornecidos como sinalizadores em um Makefile para …

29 software  finite-element  python  c++ 

Como alguém que é bacharel em física, fiquei um pouco escandalizado quando comecei a trabalhar com simulações moleculares. Foi um pouco chocante descobrir que mesmo as simulações mais detalhadas e computacionalmente caras não podem reproduzir quantitativamente todo o comportamento da água a partir dos primeiros princípios. Anteriormente, eu tinha a …

29 quantum-mechanics  simulation 

Recentemente, encontrei uma formulação do meta-fenômeno : " dois é fácil, três é difícil " (formulado dessa maneira por Federico Poloni), que pode ser descrito da seguinte forma: Quando um determinado problema é formulado para duas entidades, é relativamente fácil de resolver; no entanto, um algoritmo para uma formulação de …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

Se eu tenho uma matriz quadrada invertível e tomo seu determinante, e acho que , isso implica que a matriz está mal condicionada?det(A)≈0det(A)≈0\det(A) \approx 0 O inverso também é verdadeiro? Uma matriz mal condicionada tem um determinante quase zero? Aqui está algo que eu tentei no Octave: a = rand(4,4); …

29 linear-algebra  condition-number 

A versão 3.0 do padrão MPI excluiu formalmente a interface C ++ (ela foi descontinuada anteriormente). Embora as implementações ainda possam suportá-lo, os recursos novos no MPI-3 não possuem uma interface C ++ definida no padrão MPI. Consulte http://blogs.cisco.com/performance/the-mpi-c-bindings-what-happened-and-why/ para obter mais informações. A motivação para remover a interface C …

28 c++  mpi 

Nas estatísticas e suas diversas aplicações, geralmente calculamos a matriz de covariância , que é positiva definida (nos casos considerados) e simétrica, para vários usos. Às vezes, precisamos do inverso dessa matriz para vários cálculos (formas quadráticas com esse inverso como a (única) matriz central, por exemplo). Dadas as qualidades …

27 linear-algebra  matrix 

Esta pergunta foi migrada do Stack Overflow porque pode ser respondida no Computational Science Stack Exchange. Migrou há 7 anos . Existem problemas / algoritmos famosos na computação científica que não podem ser acelerados pela paralelização? Parece-me ao ler livros sobre CUDA que a maioria das coisas pode ser.

27 parallel-computing 

EDIT: Estou testando se algum autovalor tem uma magnitude de um ou mais. Preciso encontrar o maior autovalor absoluto de uma grande matriz esparsa e não simétrica. Eu tenho usado a eigen()função de R , que usa o QR algo do EISPACK ou LAPACK para encontrar todos os autovalores e, …

27 linear-algebra  algorithms  eigensystem  sparse-matrix 

Eu conheço e usei o f2py2e para quebrar algum código antigo do Fortran 77, mas meu entendimento é que ele não funciona com o código Fortran 95 mais recente. Eu pesquisei o que eu deveria usar e me deparei com o fwrap e o G3 f2py, nenhum dos quais parece …

27 python  fortran 

Eu quero modificar uma matriz de transição quadrada densa no local, alterando a ordem de várias de suas linhas e colunas, usando a biblioteca numpy do python. Matematicamente, isso corresponde à pré-multiplicação da matriz pela matriz de permutação P e à pós-multiplicação por P ^ -1 = P ^ T, …

27 linear-algebra  python  numpy 

Eu tenho procurado em bibliotecas de álgebra linear C ++ para um projeto que eu tenho trabalhado. Algo que ainda não entendi é a conexão do BLAS e LAPACK a outras bibliotecas de álgebra linear. Examinando este artigo sobre bibliotecas de álgebra linear, achei interessante que: algumas bibliotecas são independentes …

26 linear-algebra  software  lapack  blas 

Uma das principais questões com as quais temos de lidar em simulações moleculares é o cálculo de forças dependentes da distância. Se pudermos restringir as funções de força e distância para ter potências iguais da distância de separação , podemos calcular o quadrado da distância r 2 = r ⋅ …

26 efficiency 

Qual é a biblioteca mais rápida para realizar a triangulação de conjuntos com milhões se pontos 3D? Existem também versões de GPU disponíveis? Por outro lado, ter o mosaico voronoi do mesmo conjunto de pontos ajudaria (em termos de desempenho) a obter a triangulação delaunay?

26 computational-geometry  delaunay-triangulation  voronoi-diagrams 

Não estou muito familiarizado com os esquemas comuns de discretização para PDEs. Eu sei que Crank-Nicolson é um esquema popular para discretizar a equação de difusão. Também é uma boa escolha para o termo de advecção? Eu sou interessante em resolver a equação Reação-Difusão-Advecção , ∂u∂t+∇⋅(vu−D∇u)=f∂u∂t+∇⋅(vu−D∇u)=f\frac{\partial u}{\partial t} + \nabla …

26 pde  discretization  advection  diffusion