Ciência computacional

Meu grupo de pesquisa se concentra na dinâmica molecular, que obviamente pode gerar gigabytes de dados como parte de uma única trajetória que deve ser analisada. Vários dos problemas com os quais estamos preocupados envolvem correlações no conjunto de dados, o que significa que precisamos acompanhar grandes quantidades de dados …

15 python  c  efficiency 

Estou muito impressionado com o desempenho serial de pré-condicionadores de ILU de nível inverso multinível , particularmente para Helmholtz heterogêneo , mas estou surpreso por não conseguir encontrar nenhuma implementação de código aberto. Em particular, o ILUPACK disponibiliza binários gratuitamente para os acadêmicos, mas não parece que eles liberem seu …

15 pde  algorithms  linear-solver  libraries  preconditioning 

Desculpe pelo longo post, mas eu queria incluir tudo o que achava relevante desde o início. O que eu quero Estou implementando uma versão paralela dos métodos de subespaço de Krylov para matrizes densas. Principalmente GMRES, QMR e CG. Percebi (após a criação de perfil) que minha rotina DGEMV era …

15 parallel-computing  matrix  lapack  blas 

Eu estava lendo isso no Math SE. A questão básica é: Suponha que alguém deseje estudar algo avançado; uma maneira de fazer isso seria começar do básico e construir. Mas a "imagem maior" pode se perder nesse processo. Um outro método (que prefiro chamar de Wiki recursivo) é pegar um …

15 education  reference-request 

Eu tenho um sistema linear de equações de tamanho mxm, onde m é grande. No entanto, as variáveis ​​nas quais estou interessado são apenas as primeiras n variáveis ​​(n é pequeno comparado a m). Existe uma maneira de aproximar a solução dos primeiros m valores sem precisar resolver todo o …

15 linear-algebra  approximation 

Eu tenho uma noção muito básica sobre aritmética intervalar (IA), mas parece ser um ramo muito interessante da ciência computacional, tanto teórica quanto praticamente. É claro que os aplicativos óbvios são computação verificada e problemas incorretos, mas isso é abstrato demais. Como existem muitas pessoas envolvidas em cálculos aplicados aqui, …

15 reference-request 

Tanto quanto sei, os solucionadores multigrid usam smoothers iterativos como Jacobi, Gauss-Seidel e SOR para atenuar o erro em várias frequências. Poderia ser utilizado um método de subespaço de Krylov (como gradiente conjugado, GMRES etc.)? Eu não acho que eles sejam classificados como "suavizadores", mas podem ser usados ​​para aproximar …

15 linear-algebra  multigrid  iterative-method  krylov-method 

Estou tentando resolver uma equação de Poisson 2D por diferenças finitas. No processo, obtenho uma matriz esparsa com apenas variáveis ​​em cada equação. Por exemplo, se as variáveis ​​fossem U , a discretização produziria:555UUU Ui−1,j+Ui+1,j−4Ui,j+Ui,j−1+Ui,j+1=fi,jUi−1,j+Ui+1,j−4Ui,j+Ui,j−1+Ui,j+1=fi,jU_{i-1,j} + U_{i+1,j} -4U_{i,j} + U_{i,j-1} + U_{i,j+1} = f_{i,j} Eu sei que posso resolver esse …

15 linear-algebra  pde  finite-difference  sparse-matrix  banded-matrix 

Existe um sistema de restrições lineares . Desejo encontrar um vetor estritamente positivo que satisfaça essas restrições. Isso significa que é necessário para cada componente de . Como posso usar um solucionador de LP para encontrar um vetor tão estritamente positivo (ou confirmar que não existe )? Não posso simplesmente …

15 optimization  linear-programming 

Fiz uma introdução básica ao Método dos Elementos Finitos, que não enfatizava uma compreensão sofisticada de uma "formulação fraca". Entendo que, com o método galerkin, multiplicamos ambos os lados do PDE (elíptico) por uma função de teste e depois integramos (por partes ou pelo teorema da divergência). Às vezes, eu …

15 pde  finite-element 

Quais abordagens são usadas na prática para estimar o número de condições de grandes matrizes esparsas?

15 linear-algebra  matrix  conditioning 

Eu tenho um PETSc Mate gostaria de estimar seu número de condição.

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Os métodos padrão de decomposição multigrid e de domínio não funcionam, mas eu tenho grandes problemas em 3D e os solucionadores diretos não são uma opção. Quais métodos devo tentar? Como minhas escolhas são afetadas pelas seguintes considerações? os coeficientes variam em várias ordens de magnitude, ou elemento finito versus …

15 pde 

Isso é direcionado principalmente para PDEs elípticos sobre domínios convexos, para que eu possa ter uma boa visão geral dos dois métodos.

15 pde  multigrid  preconditioning  domain-decomposition 

Especificamente, quero estender o trabalho envolvendo o B3LYP iniciado no Gaussian 03, mas continuando no GAMESS-US. As energias fornecidas pelos métodos B3LYP padrão não são as mesmas. Há uma discussão sobre isso no manual GAMESS-US (seção Informações adicionais): Observe que o B3LYP no GAMESS se baseia em parte na funcionalidade …

15 computational-chemistry  density-functional-theory