Ciência computacional

Estou desenvolvendo um código maior para realizar cálculos de autovalor de enormes matrizes esparsas, no contexto da física computacional. Testo minhas rotinas contra o oscilador harmônico simples em uma dimensão, uma vez que os autovalores são bem conhecidos analiticamente. Fazendo isso e comparando minhas próprias rotinas aos solucionadores embutidos do …

15 python  sparse-matrix  numpy  eigenvalues 

Às vezes, ao otimizar o código, é necessário cronometrar determinadas partes do código, eu venho usando o seguinte há anos, mas fiquei imaginando se existe uma maneira melhor / mais simples de fazer isso? call system_clock(count_rate=clock_rate) !Find the time rate call system_clock(count=clock_start) !Start Timer call do_something_subroutine !This is what gets …

15 optimization  fortran  profiling 

Ouvi de maneira anedótica que quando alguém está tentando fazer numericamente uma integral do formulário ∫∞0f(x)J0(x)dx∫0∞f(x)J0(x)dx\int_0^\infty f(x) J_0(x)\,\mathrm{d}x com suave e bem-comportado (por exemplo, não seja altamente oscilatório, não singular, etc.), ajudará a precisão a reescrevê-lo comof(x)f(x)f(x) 1π∫π0∫∞0f(x)cos(xsinθ)dxdθ1π∫0π∫0∞f(x)cos⁡(xsin⁡θ)dxdθ\frac{1}{\pi}\int_0^\pi \int_0^\infty f(x) \cos(x\sin\theta) \,\mathrm{d}x\,\mathrm{d}\theta e execute a integral interna numericamente primeiro. Não …

15 quadrature  special-functions 

Eu tenho um conjunto de dados e quero encontrar o parâmetro tal que minimize a soma isso é m k ∑ i = 1 | m - x i | .x1, x2, … , Xkx1,x2,...,xkx_{1}, x_{2}, \ldots, x_{k}mmm∑i = 1k∣∣m - xEu∣∣.∑Eu=1k|m-xEu|.\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|. minm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.minm∑i=1k|m−xi|.\min_{m}\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|.

15 optimization  convex-optimization 

O que é exatamente a correção de contrapeso? Você pode explicar quando é necessário e por quê?

15 computational-chemistry  basis-set 

Uso o HDF5 há anos, mas à medida que o tamanho do conjunto de dados aumenta, estou começando a ter os mesmos problemas listados aqui http://cyrille.rossant.net/moving-away-hdf5/ Você pode me apontar para um formato como HDF5 com - Bom suporte para gravações paralelas - Suporte para acesso em blocos de grandes …

15 data-storage 

Estou paralelizando código para resolver numericamente um modelo de equilíbrio populacional em 5 dimensões. Atualmente, tenho um código paralelo MPICH2 muito bom no FORTRAN, mas à medida que aumentamos os valores dos parâmetros, as matrizes ficam muito grandes para serem executadas no modo de memória distribuída. Eu tenho acesso a …

14 parallel-computing  fortran  numerics  mpi  compiling 

Estou fazendo algumas simulações da equação de Langevin, para várias forças externas. Sendo dito que C's rand()destdlib.h podem introduzir viés nos meus resultados, eu estou usando um Mersenne Twister. No entanto, eu gostaria de saber (e ver) exatamente que tipo de erros um gerador congruencial linear pode introduzir em minha …

14 computational-physics 

Estou resolvendo um sistema de dois PDEs acoplados em duas dimensões espaciais e no tempo computacionalmente. Como as avaliações de funções são caras, eu gostaria de usar um método de várias etapas (inicializado usando o Runge-Kutta 4-5). O método Adams-Bashforth, usando cinco avaliações de funções anteriores, tem um erro global …

14 pde  algorithms  finite-element  error-estimation 

Atualmente, estou escrevendo minha tese de doutorado. Passei uma fração significativa do meu doutorado limpando e estendendo o código científico existente, aplicando as práticas recomendadas de engenharia de software que não eram usadas anteriormente e gostaria de escrever sobre isso em minha tese. Em vez de simplesmente dizer "eu adicionei …

14 reference-request 

Alguém aqui usou computação científica de precisão dupla com GPUs de nova geração (por exemplo, K20) por meio de Python? Sei que essa tecnologia está evoluindo rapidamente, mas qual é a melhor maneira de fazer isso atualmente? A GPU está fora do escopo das bibliotecas científicas populares do Python, numpy …

14 python  gpu  precision 

Estou comparando dois métodos iterativos para inverter matrizes quadradas aleatórias. Como as matrizes são aleatórias, todo caso de teste leva quantidades diferentes de iterações e diferentes tempos decorridos. Minha pergunta é, além do tempo médio da CPU, o valor médio das iterações realizadas pelas informações úteis dos dois métodos para …

14 performance  benchmarking 

Na simulação de semicondutores, é comum que as equações sejam dimensionadas para que tenham valores normalizados. Por exemplo, em casos extremos, a densidade de elétrons nos semicondutores pode variar acima de 18 ordens de grandeza, e o campo elétrico pode mudar de forma bem definida, acima de 6 (ou mais) …

14 pde  condition-number  scaling 

Eu apenas comecei a brincar com o FEniCS. Estou resolvendo o Poisson com elementos de 3ª ordem e gostaria de visualizar os resultados. No entanto, quando eu uso o gráfico (u), a visualização é apenas uma interpolação linear dos resultados. Recebo a mesma coisa quando saio para o VTK. Em …

14 finite-element  fenics 

Eu tenho um conjunto de dados rodando em milhões de pontos de dados em 3D. Para o cálculo que estou fazendo, preciso calcular vizinho (pesquisa por faixa) para cada ponto de dados em um raio, tentar ajustar uma função, calcular o erro para o ajuste, repetir para o próximo ponto …

14 algorithms  data-structures  nearest-neighbors  spatial-data