Ciência computacional

Eu estava brincando com o PETSc e percebi que quando executo meu programa com mais de um processo via MPI, ele parece correr ainda mais devagar ! Como posso verificar para ver o que está acontecendo?

14 linear-algebra  petsc 

Trabalho bastante pesadamente em biologia / epidemiologia matemática, onde a maior parte do trabalho de modelagem / ciência computacional ainda é dominada por conjuntos de EDOs, reconhecidamente, às vezes, conjuntos bastante elaborados deles. Um dos pontos positivos desses modelos é que eles são fáceis de descrever e replicar. Uma tabela …

14 ode  computational-biology 

Nossas simulações de dinâmica de plasma geralmente produzem muita informação. Durante as simulações, registramos várias propriedades físicas em uma grade (x, y, z, t) que é tão grande quanto (8192x1024x1024x1500), por pelo menos 10 propriedades. Esta informação é processada após a simulação ser concluída. Com isso nós fazer filmes de …

14 performance  io  data-management 

Eu sou novo em simulações de dinâmica molecular (MD). Qual é a complexidade de uma simulação de dinâmica molecular em termos de tempo de simulação? Em outras palavras, se eu quiser aumentar o tempo simulado de 10 nanossegundos para 20 nanossegundos, o que posso esperar em termos de aumento no …

14 molecular-dynamics  complexity 

Métodos multigrid geralmente resolvem problemas de Dirichlet em níveis (por exemplo, aponte Jacobi ou Gauss-Seidel). Ao usar métodos de elementos finitos contínuos, é muito mais barato montar pequenos problemas de Neumann do que montar pequenos problemas de Dirichlet. Métodos de decomposição de domínio não sobrepostos, como BDDC (como FETI-DP), podem …

14 pde  multigrid 

Existem casos em que Hartree-Fock não é uma boa aproximação para calcular a geometria de equilíbrio quando a molécula está em uma condição sem quebra de ligação?

14 computational-chemistry  hartree-fock 

Suponha que eu tenha dois arquivos VTK, ambos no formato de grade estruturada. As grades estruturadas são as mesmas (elas têm a mesma lista de pontos, na mesma ordem) e existe um campo, chamado "Phi", em cada arquivo VTK. Quero criar um terceiro arquivo VTK, novamente com a mesma grade …

14 visualization  vtk 

Eu tenho um problema de programação inteira mista. E eu estou usando o GLPK como meu solucionador. Mas eu achei que o GLPK é bom para o problema de Programação Linear, mas para a programação Inteira Mista, isso requer muito mais tempo, portanto, não atende aos nossos requisitos. Estou tão …

14 optimization  software  linear-programming  mixed-integer-programming 

Muitas das bibliotecas C ++ mais conhecidas na ciência da computação, como Eigen , Trilinos e deal.II, usam o objeto padrão da biblioteca de cabeçalho de modelo C ++ std::complex<>, para representar números complexos de ponto flutuante. Na resposta de Jack Poulson a uma pergunta sobre construtores padrão, ele ressalta …

14 linear-algebra  c++  programming-paradigms  complex 

Estou muito interessado em física computacional e é muito divertido estudar esses tópicos. Como pretendo fazer um semestre no exterior, fiquei imaginando o que as universidades são conhecidas pela física computacional. Especialmente no que diz respeito às universidades nos EUA? Estou ciente de que a física computacional não é um …

14 education 

Suponha que eu esteja usando um gerador de números pseudo-aleatórios lineares congruentes (PRNG). Dada uma semente x0x0x_0 , o fator multiplicador (a), o fator de deslocamento (c) e o fator de módulo (m), como posso determinar o período do meu PRNG? Eu o determino por algoritmos de detecção de experimentação …

14 random-number-generation 

Ao aplicar a fórmula clássica para o ângulo entre dois vetores: α=arccosv1⋅v2∥v1∥∥v2∥α=arccos⁡v1⋅v2‖v1‖‖v2‖\alpha = \arccos \frac{\mathbf{v_1} \cdot \mathbf{v_2}}{\|\mathbf{v_1}\| \|\mathbf{v_2}\|} verifica-se que, para ângulos muito pequenos / agudos, há uma perda de precisão e o resultado não é exato. Conforme explicado nesta resposta de estouro de pilha , uma solução é usar …

14 algorithms  precision  numerical-limitations 

Eu gostaria de descobrir como resolver sistemas de ODEs em GPUs, em uma configuração 'trivialmente paralelizável'. Por exemplo, fazendo uma análise de sensibilidade com 512 conjuntos de parâmetros diferentes. Idealmente, eu quero resolver o ODE com um solucionador de tempo inteligente adaptável como CVODE, em vez de um tempo fixo …

14 ode  gpu 

Física, biologia, química etc. têm diferentes conjuntos de regras para a realização de experimentos: quais eventos são considerados relevantes, como evitar a contaminação das amostras, como criar e corrigir um processo de reprodução e assim por diante. Quais são os padrões, protocolos e práticas recomendadas para garantir precisão e reprodutibilidade …

13 benchmarking  reproducibility  experiment 

Em um projeto de software em que estou trabalhando, certos cálculos são muito mais fáceis para matrizes densas de baixa patente. Algumas instâncias de problemas envolvem matrizes densas de baixo escalão, mas são dadas a mim na íntegra, e não como fatores, portanto, terei que verificar o rank e fatorar …

13 linear-algebra  matrix  lapack  rank  matrix-factorization