Ciência computacional

Parece que o Matlab eigsestá me dando más aproximações dos menores vetores próprios de uma matriz. Suponho que posso usar alguns métodos mais lentos que também seriam mais precisos ... Estou procurando encontrar o segundo menor vetor próprio de uma matriz lapalciana (conhecido como vetor "fiedler"). Sei, é claro, que …

8 eigensystem  matlab 

Pelo que entendi, a ordem na qual as mensagens MPI ponto a ponto sem bloqueio (Isend e Irecv) são recebidas é consistente com a ordem em que são enviadas. Existem técnicas para priorizar determinadas mensagens em detrimento de outras? Por exemplo, temos um algoritmo de vários níveis no qual as …

8 mpi 

Estou tentando fazer MD com vapor de água. Como eu sei, existem alguns modelos de água para água líquida, como SPC, SPC / E, TIP3P, mas eles também se aplicam ao estado de vapor da água? E qual é a diferença de simulações de água líquida e de vapor?

8 molecular-dynamics 

Eu implementei o CG no FORTRAN vinculando-o ao Intel MKL. Quando houver declarações como: ( Consulte Wikipedia ) p=r; x=x+alpha*p r=r-alpha*Ap; ou similares no QMR (em quantidade muito maior) v_tld = r; y = v_tld; rho = norm( y ); w_tld = r; z = w_tld; xi = norm( z …

8 performance  fortran  blas 

Escrevo códigos em Fortran e C para vários algoritmos matriciais. No entanto, quando eu perfil meus códigos usando o VTune, geralmente encontro alguma terminologia que não consigo apreciar completamente. Existe um bom recurso para aprender a criar perfis do zero para um nível bastante avançado? Embora eu esteja ansioso para …

8 parallel-computing  reference-request 

Eu preciso calcular apenas um pequeno número de componentes de Fourier de baixa frequência de uma matriz bidimensional complexa. Estarei computando os mesmos componentes de Fourier repetidamente conforme a matriz de entrada muda. Claramente, no limite em que eu quero apenas um componente de Fourier, seria mais rápido construir uma …

8 matlab  fourier-analysis 

Eu estava tentando executar casos de teste para CG e preciso gerar: matrizes definidas positivas simétricas de tamanho> 10.000 DENSA COMPLETA Usando apenas índices de matriz e, se necessário, 1 vetor (Como A(i,j)=x(i)−x(j)(i+j)A(i,j)=x(i)−x(j)(i+j)A(i,j) = \dfrac{x(i) - x(j)}{(i+j)} ) Com número de condição menor que 1000. Eu tentei: Gerando matrizes aleatórias …

8 linear-algebra 

Quais são alguns bons recursos (livros, artigos, sites) sobre interseção de polígonos e algoritmos de união?

8 computational-geometry  reference-request 

Suponha que você resolva um sistema linear por um método iterativo, por exemplo, gradientes conjugados ou iteração de Richardson. Então você tenta resolver um sistema linear que é ligeiramente perturbado na matriz e no lado direito, digamos, .˜ A ˜ u = ˜ fA u = fAu=fAu = fUMA~você~= f~A~u~=f~\tilde …

8 linear-algebra  finite-element  linear-solver 

Qual é uma maneira comum e boa de expressar dicionários (= mapas) no pseudocódigo? Ou seja, estruturas de dados que basicamente permitem armazenar valores para chaves, iterar sobre todos os pares chave / valor, testar a inclusão de uma determinada chave etc. Eu tenho algo parecido com o seguinte código …

8 algorithms  publications 

Estou procurando uma biblioteca C ++ gratuita e conveniente para gráficos que incluem um solucionador para o problema do máximo subgrafo comum (MCS). Estou ciente da Boost Graph Library e do LEMON , mas nenhuma delas inclui um solucionador de MCS.

8 libraries  c++  graph-theory 

Estou brincando com implementações simples de algoritmos para encontrar a cobertura mínima de vértices / correspondência de cardinalidade máxima em gráficos bipartidos. No entanto, pareço ter problemas para pesquisar alguns conjuntos de dados de teste que eu poderia usar para verificar, se acertasse. É fácil criar exemplos simples que se …

8 data-sets  graph-theory 

Esse problema surge de um projeto de modelagem estatística bayesiano. Para calcular com meu modelo, preciso realizar uma integração na qual parte do integrando seja a distribuição "Pólya" ou "Dirichlet-Multinomial", p ( n ∣ α ) = ( N! ) Γ ( Kα )Γ ( α )KΓ ( N+ Kα …

8 quadrature 

Normalmente, quando eu proponho um gerador seqüencial de números aleatórios em C, uso a chamada srand(time(NULL)) então use rand() mod N para obter um número inteiro aleatório entre 0 e N-1. No entanto, quando faço isso em paralelo, as chamadas ao tempo (NULL) são tão próximas uma da outra que …

8 parallel-computing  random-number-generation 

Temos um código de refinamento de malha adaptativa (AMR) para resolver a equação de onda elástica com interfaces de falha por atrito (baseado no Chombo para aqueles que estão interessados). Uma das coisas que percebemos é que nossos resultados estão sendo fortemente afetados pela presença do limite de absorção externa …

8 hyperbolic-pde  adaptive-mesh-refinement  boundary-conditions