Ciência computacional

Quais são os "prós e contras" desses dois métodos de refinamento de malha? Ambos parecem ser os métodos predominantes. Naturalmente, posso imaginar que o refinamento global vermelho é relativamente fácil de implementar e atraente para a pesquisa em métodos multigrid, enquanto o NVB é usado na teoria AFEM porque algumas …

8 hpc  adaptive-mesh-refinement 

Eu criei um spline para ajustar meus dados em python usando: spline=scipy.interpolate.UnivariateSpline(energy, fpp, k=4) A equação que quero usar envolve um somatório entre n = 2 en = infinito, onde n é a ordem do diferencial em um ponto Eo. No entanto, usando; UnivariateSpline.__call__(spline, e0, nu=n) para chamar o valor, …

8 python  interpolation 

Gostaria de testar a influência dos parâmetros de solvatação nos modelos implícitos de solvatação e saber quais códigos estão disponíveis gratuitamente como programas independentes para dobrar proteínas de pequenas proteínas e que usam abordagens de minimização de energia em vez de dinâmica, por isso não estou procurando códigos de dinâmica …

8 computational-chemistry  computational-biology 

Estou tentando resolver um problema de mínimos quadrados não lineares de um lado com restrições lineares, ou seja, o problema: minx∑mi=1ri(x) s.t Ax≤bminx∑i=1mri(x) s.t Ax≤b\min_{\mathbf{x}} \quad \sum^m_{i=1} \mathbf{r}_i(\mathbf{x}) \qquad \text{ s.t } \quad A\mathbf{x} \leq \mathbf{b} Onde ri(x)=fi(x)2ri(x)=fi(x)2r_i(\mathbf{x})=f_i(\mathbf{x})^2 se fi(x)>0fi(x)>0f_i(\mathbf{x})>0 e ri(x)=0ri(x)=0r_i(\mathbf{x})=0 mais. Em palavras, isso pode ser considerado um …

8 algorithms  optimization 

Eu sei que devo usar uma tolerância para comparar números de ponto flutuante. Mas para comparar vetores, posso pensar em 3 soluções possíveis correspondentes a diferentes métricas de distância: Compare os componentes de cada vetor individualmente: os vetores são iguais se todos os 3 estiverem dentro da tolerância. Essa opção …

8 floating-point 

Estou analisando o desempenho dos solucionadores lineares do PETSc. Como eu entendo, speedup = Tempo sequencialTempo Paralelo.acelerar=Tempo SeqüencialTempo Paralelo.\text{speedup}=\frac{\text{Sequential Time}}{\text{Parallel Time}}. Eu sei que a execução do código paralelo em um processador pode ser usada como proxy para o desempenho seqüencial. No entanto, não acho que seja uma boa medida …

8 performance  petsc  parallel-computing 

Eu tenho um conjunto de arquivos que consiste em pontos selecionados aleatoriamente em um conjunto de dados, cada arquivo pertencendo a uma classe específica. Cada linha desses arquivos contém as coordenadas no espaço n do ponto. Gostaria de comparar as distribuições no espaço n de cada um desses arquivos - …

8 statistics  high-dimensional  pattern-recognition  regression 

Lembro-me fracamente das minhas primeiras palestras "numéricas" de que os solucionadores lineares iterativos para geralmente exigem que quando seja decomposto comoAx=bAx=bAx=bAAA A=D+MA=D+MA=D + M onde D é uma matriz diagonal e tem diagonal zero, os elementos de devem ser dominantes sobre as entradas em para que os solucionadores iterativos tenham …

8 linear-algebra  sparse-matrix 

Estou pensando em usar redes neurais artificiais (RNA) para prever as taxas de reação no meu fluido, em vez de resolver o sistema completo de ODEs rígidas. Algumas pessoas do meu laboratório já fizeram algum trabalho para não começar do zero, mas estou tendo problemas com meus aplicativos. Acho que …

8 performance  fortran  python  data-management 

Quais métodos numéricos estão disponíveis para encontrar o ponto fixo de um operador que atua nas funções ? Eu estou procurando a função para a qual .UMAUMAAf: [ a , b ] → [ a , b ]f:[uma,b]→[uma,b]f : [a,b] \rightarrow [a,b]fffA f= fUMAf=fAf = f Detalhes essenciais: Minha função …

8 inverse-problem 

Li essa resposta e percebi que tenho usado a diferença entre iterações sucessivas para definir um critério de parada para um método iterativo de encontrar autovalores / vetores. Quais são os bons critérios de parada para métodos iterativos que convergem para autovalores e autovetores?

8 linear-algebra  eigensystem  iterative-method 

Quero começar a programação científica no Mac usando o Objective-C. Estou familiarizado com o MATLAB, que facilita o armazenamento de dados de formas de onda com valores complexos em vetores e geração de gráficos. Fiquei me perguntando se poderia haver um bom recurso que pudesse comparar como você implementaria operações …

8 software  matlab 

O cálculo dos modos próprios de uma membrana semicircular se reduz ao seguinte problema de valor próprio ∇2u=k2u,∇2u=k2u,\nabla^2u=k^2u\;, onde a região de interesse é um semicírculo definido por e φ ∈ [ 0 , π ] .r ∈ [ 0 , 1 ]r∈[0,1]r\in[0,1]& Phi; ∈ [ 0 , π]φ∈[0,π]\varphi\in[0,\pi] É …

8 pde  finite-difference  eigensystem 

Às vezes, é útil no meu trabalho modificar o código-fonte de outra pessoa ou descobrir como desenvolver coisas específicas para o seu próprio aplicativo. No entanto, nem todos os softwares possuem boa documentação. Qual é uma boa maneira de entender a estrutura geral de uma base de código? Por exemplo, …

8 software  documentation 

Minha pergunta provavelmente será muito geral para responder com algumas palavras. Você poderia sugerir uma boa leitura nesse caso. Os métodos de projeção são usados ​​para reduzir o tamanho do espaço da solução para os problemas. E há pelo menos duas aplicações muito interessantes (do meu ponto de vista). O …

8 linear-algebra  finite-element  discretization