Perguntas com a marcação «computational-chemistry»

Recentemente, encontrei uma formulação do meta-fenômeno : " dois é fácil, três é difícil " (formulado dessa maneira por Federico Poloni), que pode ser descrito da seguinte forma: Quando um determinado problema é formulado para duas entidades, é relativamente fácil de resolver; no entanto, um algoritmo para uma formulação de …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

Você finalmente conseguiu descobrir como os átomos estão organizados espacialmente em sua entidade molecular recém-descoberta. Por meio, digamos, de meios espectroscópicos, você agora possui várias coordenadas de átomos, tipos de átomos, comprimentos de ligações, tipos de ligações e outros enfeites para sua molécula. Agora você está interessado em determinar o …

17 computational-chemistry 

Eu li sobre ciência da computação na Wikipedia, mas meu entendimento não é muito claro. A ciência computacional envolve programação? Quão diferente é a ciência computacional da computacional _ ____ , onde o espaço em branco pode ser qualquer disciplina (ciência dos materiais, engenharia, química, biologia e assim por diante)? …

16 computational-chemistry  education 

Especificamente, quero estender o trabalho envolvendo o B3LYP iniciado no Gaussian 03, mas continuando no GAMESS-US. As energias fornecidas pelos métodos B3LYP padrão não são as mesmas. Há uma discussão sobre isso no manual GAMESS-US (seção Informações adicionais): Observe que o B3LYP no GAMESS se baseia em parte na funcionalidade …

15 computational-chemistry  density-functional-theory 

O que é exatamente a correção de contrapeso? Você pode explicar quando é necessário e por quê?

15 computational-chemistry  basis-set 

Existem casos em que Hartree-Fock não é uma boa aproximação para calcular a geometria de equilíbrio quando a molécula está em uma condição sem quebra de ligação?

14 computational-chemistry  hartree-fock 

Eu sou novo em programação e estou tentando resolver meu primeiro grande problema e escrever meu primeiro grande programa. Procurei exemplos de código-fonte aberto para aprender, mas até agora encontrei o código em idiomas que não entendo completamente ou que fazem coisas relacionadas, mas ainda muito distantes, para eu realmente …

12 computational-chemistry  python  visualization 

Existe um algoritmo que enumera os gráficos que correspondem a algum mosaico de pontos de Delaunay em 3D? Em caso afirmativo, existe uma parametrização eficiente de geometrias que correspondem a qualquer "gráfico de Delaunay"? Eu estou procurando enumerar sistematicamente todas as geometrias estáveis ​​de moléculas de uma composição especificada sem …

12 algorithms  computational-chemistry  delaunay-triangulation 

As proteínas são tipicamente representadas em forma de desenho animado, com folhas β como flechas e hélices α como bobinas: Gostaria de saber, existe em algum lugar uma referência que descreva a construção dessa representação? Ou seja, que objetos matemáticos são usados ​​para construir esses gráficos e em quais átomos …

12 computational-chemistry  visualization 

Atualmente, estou produzindo imagens 1d e 2d usando o Matlab para comparação de precisão em relação a um determinado modelo. Preciso comparar meus métodos com o modelo gaussiano .wfn padrão e farei isso analisando a densidade de uma molécula e também o laplaciano. Estou interessado em produzir imagens bidimensionais de …

11 matlab  computational-chemistry  publications 

Eu gostaria de visualizar uma vibração molecular que não é um modo normal. Gostaria de apresentar uma representação estática e vetorial do movimento, e gostaria de ter alguma flexibilidade no estilo vetorial (tamanho, cor, etc.). Também estou interessado em produzir um vídeo da vibração. Quais são alguns bons recursos para …

11 computational-chemistry 

No método de campo auto-consistente de Hartree-Fock para resolver a equação eletrônica de Schroedinger independente do tempo, procuramos minimizar a energia do estado fundamental, , de um sistema de elétrons em um campo externo com relação à escolha dos orbitais de rotação, { χ i } .E0E0E_{0}{χi}{χi}\{\chi_{i}\} Fazemos isso iterativamente …

10 computational-chemistry  iterative-method  convergence  hartree-fock 

Alguns conjuntos de bases são considerados "consistentes em correlação". O que isso significa na prática?

10 computational-chemistry  basis-set 

Estou tentando modelar a condução de calor dentro de um cilindro de madeira usando métodos implícitos de diferenças finitas. A equação geral de calor que estou usando para formas cilíndricas e esféricas é: Onde p é o fator de forma, p = 1 para cilindro ep = 2 para esfera. …

8 matlab  matrix  finite-difference  computational-chemistry  implicit-methods 

Gostaria de testar a influência dos parâmetros de solvatação nos modelos implícitos de solvatação e saber quais códigos estão disponíveis gratuitamente como programas independentes para dobrar proteínas de pequenas proteínas e que usam abordagens de minimização de energia em vez de dinâmica, por isso não estou procurando códigos de dinâmica …

8 computational-chemistry  computational-biology