Ciência computacional

Simultaneamente à minha pesquisa sobre os métodos do subespaço de Krylov, tenho a opção de explorar a matemática por trás do HPC um passo à frente ou a teoria da computação (hardware, SO, compiladores etc.). Atualmente, eu sei que tanto o suficiente para apenas sobreviver. Por exemplo, eu sei como …

11 parallel-computing  education 

Eu gostaria de visualizar uma vibração molecular que não é um modo normal. Gostaria de apresentar uma representação estática e vetorial do movimento, e gostaria de ter alguma flexibilidade no estilo vetorial (tamanho, cor, etc.). Também estou interessado em produzir um vídeo da vibração. Quais são alguns bons recursos para …

11 computational-chemistry 

Aqui está um uso típico de ponteiros de função em C. Eu gostaria de fazer algo semelhante no Fortran. Tenho algumas idéias, mas gostaria de saber se existe alguma maneira canônica de fazer isso. Os ponteiros de função e os contextos transmitidos pelo usuário são armazenados e depois chamados posteriormente. …

11 petsc  fortran 

Eu tenho um conjunto de dados de pontos tridimensionais para os quais gostaria de construir uma malha, usando python. Todo o software que eu vi exige que você forneça as bordas. Existe um programa em python que toma como entrada um conjunto de pontos em 3D e produz uma malha? …

11 python  mesh-generation 

Por favor, liste o pacote Python (petsc4py, etc ...) e os solucionadores diretos esparsos que ele suporta. Uma resposta (wiki da comunidade) por pacote, por favor.

11 python  linear-solver  sparse-matrix 

Ao resolver PDE dependentes do tempo usando o método dos elementos finitos, por exemplo, a equação do calor, se usarmos o passo explícito do tempo, teremos que resolver um sistema linear por causa da matriz de massa. Por exemplo, se mantivermos o exemplo da equação do calor, ∂u∂t=c∇2u∂u∂t=c∇2u\frac{\partial{u}}{\partial{t}} = c\nabla{}^{2}u …

11 finite-element  time-integration  navier-stokes 

Eu li em algum lugar que o Pandas foi desenvolvido pela primeira vez para o mundo financeiro, pelo menos não especialmente para as ciências naturais (física, biologia e assim por diante), então existe algum pacote Python de análise de dados semelhante mais "orientado para as ciências naturais"? Comecei a usar …

11 python  data-analysis  data-management 

Existe um algoritmo SVD truncado que calcula os valores singulares, um de cada vez? Meu problema: gostaria de calcular os primeiros kkk valores singulares (e vetores singulares) de uma matriz densa grande MMM , mas não sei qual seria um valor apropriado de kkk . MMM é grande, portanto, por …

11 linear-algebra  algorithms  svd 

Tenho uma pergunta semelhante à que foi feita anteriormente, exceto em 3D, e só preciso do volume, não da forma real do casco. Mais precisamente, recebi um pequeno conjunto de pontos (digamos, 10 a 15) em 3D, que são conhecidos por estar no casco convexo do conjunto de pontos (para …

11 algorithms  reference-request  computational-geometry 

Para um projeto, tenho que implementar esses dois métodos e comparar o desempenho deles em diferentes funções. Parece que o método do gradiente conjugado se destina a resolver sistemas de equações lineares de Ax=bAx=b A\mathbf{x} = \mathbf{b} Onde AAA é uma matriz n por n simétrica, definida positiva e real. …

11 optimization  conjugate-gradient 

Estou implementando o artigo " Transporte de massa ideal para registro e entortamento ", meu objetivo é colocá-lo online, pois não consigo encontrar nenhum código de transporte de massa euleriano on-line e isso seria interessante pelo menos para a comunidade de pesquisa em processamento de imagens. O artigo pode ser …

11 pde  finite-difference  matlab  fluid-dynamics  image-processing 

Cada matriz real pode ser reduzir a verdadeira forma Schur T = U T A L usando um ortogonal similiary transformar U . Aqui a matriz T é uma forma quase triangular com 1 por 1 ou 2 por 2 blocos na diagonal principal. Cada um por um do bloco …

10 eigenvalues  eigensystem  lapack  numerics  scalapack 

Os algoritmos existentes para resolver EDOs manipulam funções , em que . Mas em muitos sistemas físicos, a equação diferencial é autônoma, então , , com deixado de fora. Com essa suposição simplificadora, que melhorias podem ser vistas nos métodos numéricos existentes? Por exemplo, se , o problema se transforma …

10 ode  numerics 

Descobri que boa parte da minha programação de ciências computacionais tem requisitos de teste que não são cobertos pelas estruturas de teste padrão: Teste de tempo de computação Para garantir que os algoritmos não fiquem mais lentos. Eu poderia fazer algo parecido, assureSmallerEqual(RuntimeWrapper(algorithm),53)mas gostaria que o limite de 53 segundos …

10 testing 

Na pesquisa de problemas inversos, é comum construir um conjunto de dados sintéticos a partir de um conjunto conhecido de parâmetros e testar se a técnica de inversão pode reconstruir esses parâmetros. Ao fazer isso, é importante adicionar níveis apropriados de ruído aleatório aos dados sintéticos. Além disso, se o …

10 reference-request  inverse-problem