Perguntas com a marcação «jags»

Estou prestes a experimentar um ambiente de estilo BUGS para estimar modelos bayesianos. Existem vantagens importantes a serem consideradas na escolha entre OpenBugs ou JAGS? É provável que um substitua o outro em um futuro próximo? Usarei o Gibbs Sampler escolhido com R. Ainda não tenho uma aplicação específica, mas …

41 r  software  bugs  jags  gibbs 

Eu encontrei algumas distribuições para as quais BUGS e R têm diferentes parametrizações: Normal, log-Normal e Weibull. Para cada uma delas, entendo que o segundo parâmetro usado por R precisa ser transformado inversamente (1 / parâmetro) antes de ser usado no BUGS (ou JAGS no meu caso). Alguém sabe de …

31 r  distributions  bugs  jags  parameterization 

Em seu artigo amplamente citado, distribuições anteriores para parâmetros de variância em modelos hierárquicos (916 citação até agora no Google Scholar) Gelman propõe que boas distribuições prévias não informativas para a variação em um modelo bayesiano hierárquico são a distribuição uniforme e a distribuição de meia tonelada. Se eu entendi …

16 bayesian  variance  prior  jags  hierarchical-bayesian 

Eu pensei que poderia brincar com alguma seleção de variáveis ​​bayesianas, seguindo um bom post no blog e os trabalhos relacionados. Escrevi um programa em rjags (onde sou um novato) e busquei dados de preços para a Exxon Mobil, além de algumas coisas que dificilmente explicam seus retornos (por exemplo, …

14 regression  bayesian  multiple-regression  feature-selection  jags 

Eu apenas comecei a aprender a usar Stan e rstan. A menos que eu sempre tenha ficado confuso sobre como o JAGS / BUGS funcionou, pensei que você sempre tivesse que definir uma distribuição anterior de algum tipo para cada parâmetro no modelo a ser extraído. Parece que você não …

14 mcmc  prior  jags  graphical-model  stan 

Existem vários artigos pesados ​​em matemática que descrevem o laço bayesiano, mas eu quero testar o código JAGS correto que eu possa usar. Alguém poderia postar um exemplo de código BUGS / JAGS que implementa regressão logística regularizada? Qualquer esquema (L1, L2, Elasticnet) seria ótimo, mas Lasso é o preferido. …

13 bayesian  logistic  lasso  jags  regularization 

Eu usei o rjags para executar o MCMC em um modelo, especificado na linguagem JAGS. Existe uma boa maneira de extrair esse modelo e executar previsões com ele (usando as distribuições posteriores dos meus parâmetros)? Posso re-especificar o modelo em R e conectar os modos dos meus parâmetros posteriores; Só …

12 r  jags 

Estou tentando ajustar um modelo hierárquico usando jags e o pacote rjags. Minha variável de resultado é y, que é uma sequência de testes de bernoulli. Eu tenho 38 sujeitos humanos que estão realizando sob duas categorias: P e M. Com base em minha análise, todo falante tem uma probabilidade …

12 mcmc  multilevel-analysis  jags 

Estou tentando configurar um modelo de poisson inflado com zero no R e JAGS. Eu sou novo no JAGS e preciso de algumas orientações sobre como fazer isso. Eu tenho tentado com o seguinte onde y [i] é a variável observada model { for (i in 1:I) { y.null[i] <- …

12 r  poisson-distribution  jags  zero-inflation 

Parece que condicionais completos geralmente são bastante difíceis de derivar, mas programas como JAGS e BUGS os derivam automaticamente. Alguém pode explicar como eles geram algoritmos condicionais completos para qualquer especificação arbitrária de modelo?

11 bayesian  conditional-probability  jags  bugs  gibbs 

Estou construindo um modelo bayesiano hierárquico bastante complexo para uma meta-análise usando R e JAGS. Simplificando um pouco, os dois níveis principais do modelo têm onde é a ésima observação do ponto final (neste caso, GM vs. rendimentos de culturas não GM) no estudo , é o efeito do estudo …

10 autocorrelation  multilevel-analysis  mcmc  jags 

No Rque pudermos "peso antes" uma glmregressão via pesos parâmetro. Por exemplo: glm.D93 <- glm(counts ~ outcome + treatment, family = poisson(), weights=w) Como isso pode ser feito em um JAGSou BUGSmodelo? Encontrei algum artigo discutindo isso, mas nenhum deles fornece um exemplo. Estou interessado principalmente em exemplos de Poisson …

10 bayesian  generalized-linear-model  jags  bugs  weighted-regression 

Acabei de (re) ler Por que de Gelman (geralmente) não precisamos nos preocupar com múltiplas comparações . Em particular, a seção "Múltiplos resultados e outros desafios" menciona o uso de um modelo hierárquico para situações em que existem várias medidas relacionadas da mesma pessoa / unidade em diferentes momentos / …

10 multiple-comparisons  multilevel-analysis  lme4-nlme  jags  hierarchical-bayesian 

Estou tentando construir um modelo em que a resposta seja proporcional (na verdade, é a parcela de votos que um partido obtém nos círculos eleitorais). Sua distribuição não é normal, então decidi modelá-la com uma distribuição beta. Eu também tenho vários preditores. No entanto, não sei como escrevê-lo em BUGS …

10 bayesian  jags  bugs  beta-regression  stan 

Eu tenho uma pergunta sobre como ajustar um problema de censura no JAGS. Observo uma mistura bivariada normal onde os valores X apresentam erro de medição. Eu gostaria de modelar os verdadeiros "meios" subjacentes dos valores censurados observados. ⌈xtrue+ϵ⌉=xobserved ϵ∼N(0,sd=.5)⌈xtrue+ϵ⌉=xobserved ϵ∼N(0,sd=.5)\begin{align*} \lceil x_{true}+\epsilon \rceil = x_{observed} \ \epsilon \sim N(0,sd=.5) …

10 mcmc  censoring  truncation  jags